gmx-disre – Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-disre - Аналіз обмежень на відстані

СИНТАКСИС

gmx disre [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [-д [<.xvg>]] [-in [<.xvg>]] [-дн [<.xvg>]]
[-дм [<.xvg>]] [-доктор [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdb>]]
[-x [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ні]ж]
[-xvg ] [-ntop ] [-maxdr ]
[-nрівні ] [- [ні] третій]

ОПИС

gmx зневага обчислює порушення дистанційних обмежень. Програма завжди обчислює
миттєвих порушень, а не усереднених за часом, оскільки цей аналіз проводиться з a
файл траєкторії після цього не має сенсу використовувати усереднення за часом. Проте час
усереднені значення для обмеження наведено у файлі журналу.

Для вибору певних обмежень для друку можна використовувати файл індексу.

Коли необов’язковий -q прапор дається а .pdb файл забарвлений за розміром середнього
порушення.

Коли -c якщо задано параметр, буде прочитано файл індексу, що містить кадри у вашому
траєкторія, що відповідає кластерам (визначеним іншим способом), які ви хочете
аналізувати. Для цих кластерів програма обчислить середні порушення за допомогою третього
алгоритм усереднення потужності та роздрукувати їх у файлі журналу.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-n [<.ndx>] (віол.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-c [<.ndx>] (clust.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-д [<.xvg>] (drsum.xvg)
файл xvgr/xmgr

-in [<.xvg>] (draver.xvg)
файл xvgr/xmgr

-дн [<.xvg>] (drnum.xvg)
файл xvgr/xmgr

-дм [<.xvg>] (drmax.xvg)
файл xvgr/xmgr

-доктор [<.xvg>] (restr.xvg)
файл xvgr/xmgr

-l [<.log>] (disres.log)
Файл журналу

-q [<.pdb>] (віол.pdb) (Необов'язково)
Файл банку даних білка

-x [<.xpm>] (matrix.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-ntop (0)
Кількість великих порушень, які зберігаються у файлі журналу на кожному кроці

-maxdr (0)
Порушення максимальної відстані на виході матриці. Якщо менше або дорівнює 0, максимум
буде визначатися за даними.

-nрівні (20)
Кількість рівнів у виході матриці

- [ні] третій (так)
Використовуйте обернене усереднення третьої потужності або лінійне для виведення матриці

Використовуйте gmx-disre онлайн за допомогою служб onworks.net