gmx-grompp - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-grompp - Зробити запуск вхідного файлу

СИНТАКСИС

gmx grompp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-r [<.gro/.g96/...>]]
[-рб [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-пос [<.trr/.cpt/...>]] [-по [<.mdp>]] [-стор [<.top>]]
[-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[ні]v] [-час ]
[-[ні]rmvsbds] [-maxwarn ] [-[ні]нуль] [-[ні]ренум]

ОПИС

gmx grompp (препроцесор gromacs) читає файл молекулярної топології, перевіряє дійсність
файлу, розширює топологію від молекулярного опису до атомного опису.
Файл топології містить інформацію про типи молекул і кількість молекул,
препроцесор копіює кожну молекулу в міру необхідності. Немає обмежень щодо кількості
типи молекул. Зв’язки та кути зв’язку можуть бути перетворені в обмеження окремо для
водень і важкі атоми. Потім зчитується файл координат і можна генерувати швидкості
з дистрибутиву Максвелла, якщо потрібно. gmx grompp також зчитує параметри для gmx
mdrun (наприклад, кількість кроків MD, крок часу, відсічення) та інші, такі як параметри NEMD,
які коригуються так, щоб чисте прискорення дорівнювало нулю. Зрештою, це двійковий файл
створений, який може служити єдиним вхідним файлом для програми MD.

gmx grompp використовує імена атомів із файлу топології. Назви атомів у координаті
файл (опція -c) читаються лише для створення попереджень, якщо вони не збігаються з іменами атомів
в топології. Зауважте, що назви атомів не мають значення для моделювання, оскільки тільки
типи атомів використовуються для генерування параметрів взаємодії.

gmx grompp використовує вбудований препроцесор для розв’язання включений, макросів тощо. Препроцесор
підтримує такі ключові слова:

#ifdef ЗМІННА
#ifndef ЗМІННА
#else
#endif
#визначити ЗМІННУ
#undef ЗМІННА
#include "ім'я файлу"
#включати

Функціонування цих операторів у вашій топології можна модулювати за допомогою
після двох прапорів у вашому .mdp Файл:

визначити = -DVARIABLE1 -DVARIABLE2
включати = -I/home/john/doe

Для отримання додаткової інформації вам може допомогти підручник із програмування на C. Вказавши -стор
flag запише попередньо оброблений файл топології, щоб ви могли його перевірити
зміст.

При використанні обмежувачів положення може бути наданий файл з координатами обмеження -r,
інакше буде зроблено обмеження щодо конформації від -c варіант.
Для розрахунку вільної енергії можна надати координати для топології B
-рб, інакше вони будуть дорівнювати топології A.

Початкові координати можна зчитувати з траєкторії за допомогою -t. Останній кадр з координатами
і швидкості будуть зчитуватися, якщо не -час використовується варіант. Тільки якщо ця інформація є
відсутні координати в -c файл. Зауважте, що цих швидкостей не буде
використовувати, коли gen_vel = так у вашому .mdp файл. Можна постачатися з енергетичним файлом -e до
прочитати змінні зв’язку Носа-Гувера та/або Паррінелло-Рахмана.

gmx grompp можна використовувати для перезапуску моделювання (зберігаючи безперервність), надавши лише a
файл контрольної точки с -t. Однак для простої зміни кількості кроків виконання для розширення a
бігти, використовуючи gmx конвертувати-tpr зручніше ніж gmx grompp. Потім ви постачаєте старе
файл контрольної точки безпосередньо до gmx mdrun з -cpi. Якщо ви бажаєте змінити ансамбль або
такі речі, як вихідна частота, а потім передача файлу контрольної точки до gmx grompp з -t
разом з новим .mdp файл з -f є рекомендованою процедурою. Фактично збереження
ансамбль (якщо можливо) все ще вимагає передати файл контрольної точки до gmx mdrun -cpi.

За замовчуванням усі зв’язані взаємодії, які мають постійну енергію завдяки віртуальному сайту
конструкції будуть зняті. Якщо ця постійна енергія не дорівнює нулю, це призведе до a
зсув повної енергії. Усі зв’язані взаємодії можна зберегти, вимкнувши -rmvsbds.
Крім того, усі обмеження на відстані, які все одно будуть постійними через
віртуальні конструкції сайту будуть видалені. Якщо залишаються якісь обмеження, які передбачають
віртуальних сайтів, призведе до фатальної помилки.

Щоб перевірити вхідний файл запуску, зверніть увагу на всі попередження на екрані та виправте їх
де необхідно. Також подивіться на вміст mdout.mdp файл; це містить коментар
рядків, а також введення що gmx grompp прочитав. Якщо сумніваєтеся, можете почати gmx
grompp з -відлагоджувати параметр, який надасть вам більше інформації у файлі під назвою
grompp.log (разом із справжньою інформацією про налагодження). Ви можете побачити вміст вхідного файлу run
з gmx дамп програми. gmx перевірка можна використовувати для порівняння вмісту двох введених даних
файли.

Команда -maxwarn опцію можна використовувати для заміни попереджень, надрукованих за допомогою gmx grompp що інакше
зупинити вихід. У деяких випадках попередження нешкідливі, але зазвичай це не так. Користувач є
радимо уважно інтерпретувати вихідні повідомлення, перш ніж намагатися їх обійти
цей варіант.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.mdp>] (grompp.mdp)
вхідний файл grompp з параметрами MD

-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр

-r [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Необов'язково)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр

-рб [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Необов'язково)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-p [<.top>] (topol.top)
Файл топології

-t [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Необов'язково)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг

-e [<.edr>] (ener.edr) (Необов'язково)
Енергетичний файл

Параметри для визначення файлів введення/виведення:

-пос [<.trr/.cpt/...>] (rotref.trr) (Необов'язково)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг

Параметри для визначення вихідних файлів:

-по [<.mdp>] (mdout.mdp)
вхідний файл grompp з параметрами MD

-стор [<.top>] (оброблено.верх) (Необов'язково)
Файл топології

-o [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (Необов'язково)
Файл координат у форматі Громос-87

Інші варіанти:

-[ні]v (немає)
Бути гучним і галасливим

-час (-1)
Зробіть кадр після цього часу або спочатку.

-[ні]rmvsbds (так)
Видаліть постійні зв’язані взаємодії з віртуальними сайтами

-maxwarn (0)
Кількість дозволених попереджень під час обробки введення. Не для нормального використання і може
створюють нестабільні системи

-[ні]нуль (немає)
Встановіть параметри для зв’язаних взаємодій без значень за замовчуванням на нуль замість
генерування помилки

-[ні]ренум (так)
Перенумеруйте типи атомів і мінімізуйте кількість типів атомів

Використовуйте gmx-grompp онлайн за допомогою служб onworks.net