gmx-helix - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-helix - Розрахувати основні властивості альфа-спіралей

СИНТАКСИС

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-ч [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ні]ж] [-р0 ] [-[ні]д] [-[ні]Ф]
[-[ні]дб] [-[ні]єв] [-ahxstart ] [-ahxend ]

ОПИС

gmx спіраль обчислює всі види властивостей спіралі. Спочатку перевіряють пептид
найдовша спіральна частина, що визначається за водневими зв’язками та кутами phi/psi. Цей біт є
пристосований до ідеальної спіралі навколо z-вісь і центрується навколо початку координат. Потім
обчислюються такі властивості:

· Радіус спіралі (файл radius.xvg). Це просто середньоквадратичне відхилення у двох вимірах
для всіх атомів кальфа. він обчислюється як sqrt((сума_i (x^2(i)+y^2(i)))/N), де N
кількість атомів хребта. Для ідеальної спіралі радіус становить 0.23 нм.

· Скрутити (файл twist.xvg). Розраховується середній спіральний кут на залишок. Для
альфа-спіраль становить 100 градусів, для 3-10 спіралей вона буде меншою, а для 5-спіралей
він буде більшим.

· Підйом на залишок (файл rise.xvg). Гвинтове підйом на залишок зображено у вигляді
різниця в z-координата між атомами кальфа. Для ідеальної спіралі це 0.15 нм.

· Загальна довжина спіралі (файл len-ahx.xvg). Загальна довжина спіралі в нм. Це
просто середнє зростання (див. вище) помножене на кількість гвинтових залишків (див. нижче).

· Спіральний диполь, тільки магістраль (файл dip-ahx.xvg).

· Середньоквадратичне відхилення від ідеальної спіралі, розраховане лише для атомів кальфа (файл
rms-ahx.xvg).

· Середня кальфа - двогранний кут кальфа (файл phi-ahx.xvg).

· Середні кути фі і псі (файл phipsi.xvg).

· Еліптичність при 222 нм за Херстом і Бруксом.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Індексний файл

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

Параметри для визначення вихідних файлів:

-ч [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-р0 (1)
Перше число залишку в послідовності

-[ні]д (немає)
На кожному кроці перевіряйте, яка частина послідовності є гвинтовою

-[ні]Ф (так)
Переключіть підгонку до ідеальної спіралі

-[ні]дб (немає)
Друк налагоджувальної інформації

-[ні]єв (немає)
Напишіть новий файл «траєкторії» для ED

-ahxstart (0)
Перший залишок у спіралі

-ahxend (0)
Останній залишок у спіралі

Використовуйте gmx-helix онлайн за допомогою служб onworks.net