Це команда gmx-nmtraj, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-nmtraj - генерує віртуальну коливальну траєкторію з власного вектора
СИНТАКСИС
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-іноземний ]
[-фази ] [-темп ] [-амплітуда ]
[-nframes ]
ОПИС
gmx nmtraj генерує віртуальну траєкторію з власного вектора, відповідного a
гармонійне декартове коливання навколо середньої структури. Власні вектори повинні
зазвичай мають бути зваженими за масою, але для генерації можна використовувати незважені власні вектори
ортогональні рухи. Вихідні кадри записуються як файл траєкторії, що охоплює все
період, а перший кадр – середня структура. Якщо ви запишете траєкторію в (або
конвертувати у формат PDB, ви можете переглядати його безпосередньо в PyMol, а також відтворювати фотореалістичний
фільм. Амплітуди руху обчислюються на основі власних значень і заданої температури,
припускаючи рівномірний розподіл енергії по всіх модах. Щоб рух було чітко видно в
PyMol, ви можете посилити його, встановивши нереально високу температуру.
Однак майте на увазі, що як лінійні декартові переміщення, так і зважування маси будуть
призвести до серйозної деформації структури для високих амплітуд - це просто обмеження
моделі декартового нормального режиму. За замовчуванням обраний власний вектор встановлений на 7, оскільки
перші шість нормальних режимів - це поступальний і обертальний ступені свободи.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг
Інші варіанти:
-іноземний (7)
Рядок власних векторів для використання (спочатку 1)
-фази (0.0)
Рядок фаз (за замовчуванням 0.0)
-темп (300)
Температура (К)
-амплітуда (0.25)
Амплітуда для мод з власним значенням<=0
-nframes (30)
Кількість кадрів для створення
Використовуйте gmx-nmtraj онлайн за допомогою сервісів onworks.net
