gmx-rmsf - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-rmsf - Розрахунок атомних флуктуацій

СИНТАКСИС

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-ок [<.pdb>]] [- віл [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-од [<.xvg>]] [-ок [<.xvg>]] [-реж [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ні]ж] [-xvg ] [- [ні] рез]
[-[ні]анісо] [- [ні] підходить]

ОПИС

gmx середньоквадратичне значення обчислює середнє квадратичне коливання (RMSF, тобто стандартне відхилення).
позиції атомів на траєкторії (додається -f) після (необов’язково) підгонки до a
опорна рамка (постачається в комплекті -s).

З опцією -ок значення RMSF перетворюються на значення B-фактора, які записуються в a
.pdb файл із координатами структурного файлу або a .pdb файл коли -q is
зазначено. Варіант - віл записує B-фактори у файл із середніми координатами.

З опцією -од середньоквадратичне відхилення відносно еталонної структури
розраховується.

З опцією -анізо, gmx середньоквадратичне значення обчислить анізотропні температурні коефіцієнти, а потім це
також виведе середні координати та a .pdb файл із записами ANISOU (відповідає
-ок or - віл варіант). Зверніть увагу, що значення U залежать від орієнтації, тому раніше
порівняння з експериментальними даними, ви повинні переконатися, що ви відповідаєте експериментальним
координати.

Коли .pdb вхідний файл передається програмі та -анізо прапор встановлено кореляцію
графік Uij буде створено, якщо будь-які анізотропні температурні фактори присутні в
.pdb файлу.

З опцією -реж середня матриця MSF (3x3) діагоналізована. Це показує напрямки
в якому атоми коливаються найбільше і найменше.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Необов'язково)
Файл банку даних білка

Параметри для визначення вихідних файлів:

-ок [<.pdb>] (bfac.pdb) (Необов'язково)
Файл банку даних білка

- віл [<.pdb>] (xaver.pdb) (Необов'язково)
Файл банку даних білка

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
файл xvgr/xmgr

-од [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-ок [<.xvg>] (correl.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-реж [<.log>] (rmsf.log) (Необов'язково)
Файл журналу

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

- [ні] рез (немає)
Обчисліть середні значення для кожного залишку

-[ні]анісо (немає)
Обчисліть коефіцієнти анізотропної температури

- [ні] підходить (так)
Виконайте суперпозицію найменших квадратів перед обчисленням RMSF. Без цього ви повинні зробити
переконайтеся, що опорна структура та траєкторія збігаються.

Використовуйте gmx-rmsf онлайн за допомогою сервісів onworks.net