Це команда gmx-rotacf, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-rotacf - Розрахувати обертальну кореляційну функцію для молекул
СИНТАКСИС
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ні]ж] [-xvg ] [-[ні] г] [-[ні]авер]
[-акфлен ] [-[ні]нормалізувати] [-P ]
[-fitfn ] [-початок ] [- Endfit ]
ОПИС
gmx rotacf обчислює обертальну кореляційну функцію для молекул. Атомні трійки
(i,j,k) необхідно вказати в індексному файлі, визначаючи два вектори ij і jk. Ротаційний
ACF розраховується як автокореляційна функція вектора n = ij x jk, тобто
перехресний добуток двох векторів. Оскільки три атоми охоплюють площину, порядок трьох
атоми не мають значення. За бажанням, викликаючи -d перемикач, ви можете розрахувати
обертальна кореляційна функція для лінійних молекул шляхом визначення пар атомів (i,j) у
індексний файл.
ПРИКЛАДИ
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n індекс -o rotacf-x-P1 -фа expfit-x-P1 -початок 2.5
- Endfit 20.0
Це обчислить функцію кореляції обертання за допомогою Лежандра першого порядку
поліном кута вектора, визначеного індексним файлом. Функція кореляції
буде підігнано від 2.5 пс до 20.0 пс до двопараметричної експоненці.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
файл xvgr/xmgr
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-[ні] г (немає)
Використовуйте індексні дублети (вектори) для кореляційної функції замість триплетів (площин)
-[ні]авер (так)
Середнє за молекулами
-акфлен (-1)
Довжина ACF за замовчуванням дорівнює половині кількості кадрів
-[ні]нормалізувати (так)
Нормалізувати АКФ
-P (0)
Порядок полінома Лежандра для ACF (0 означає відсутність): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ні)
Функція відповідності: немає, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-початок (0)
Час, з якого починається експоненціальна підгонка кореляційної функції
- Endfit (-1)
Час, коли закінчиться експоненціальна підгонка кореляційної функції, -1 до моменту
кінець
Використовуйте gmx-rotacf онлайн за допомогою служб onworks.net
