Це команда gmx-velacc, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-velacc - Розрахувати автокореляційні функції швидкості
СИНТАКСИС
gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-кістка [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ні]ж] [-xvg ] [-[ні]м] [-[ні]рецепт]
[-[ні]мол] [-акфлен ] [-[ні]нормалізувати] [-P ]
[-fitfn ] [-початок ] [- Endfit ]
ОПИС
gmx velacc обчислює автокореляційну функцію швидкості. Коли -m використовується варіант,
обчислюється автокореляційна функція імпульсу.
З опцією -мол розраховується швидкісна автокореляційна функція молекул. У цьому
у випадку, індексна група повинна складатися з номерів молекул замість номерів атомів.
Переконайтеся, що ваша траєкторія містить кадри з інформацією про швидкість (тобто нствоут було
набір у вашому оригіналі .mdp файл), і що інтервал часу між точками збору даних
значно коротший за часовий масштаб автокореляції.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
файл xvgr/xmgr
-кістка [<.xvg>] (спектр.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-[ні]м (немає)
Обчисліть автокореляційну функцію імпульсу
-[ні]рецепт (так)
Використовуйте см^-1 на осі X замість 1/ps для спектрів.
-[ні]мол (немає)
Обчисліть швидкість acf молекул
-акфлен (-1)
Довжина ACF за замовчуванням дорівнює половині кількості кадрів
-[ні]нормалізувати (так)
Нормалізувати АКФ
-P (0)
Порядок полінома Лежандра для ACF (0 означає відсутність): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ні)
Функція відповідності: немає, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-початок (0)
Час, з якого починається експоненціальна підгонка кореляційної функції
- Endfit (-1)
Час, коли закінчиться експоненціальна підгонка кореляційної функції, -1 до моменту
кінець
Використовуйте gmx-velacc онлайн за допомогою служб onworks.net
