Це команда gt-chseqids, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-chseqids - Змінити ідентифікатори послідовності відповідно до зіставлення, наведеного у файлі зіставлення.
СИНТАКСИС
gt chseqids [опція ...] файл_відображення [GFF3_file]
ОПИС
-сортувати [так|ні]
відсортувати функції GFF3 після зміни ідентифікаторів послідовності (споживання пам’яті становить
пропорційно розміру вхідного файлу) (за замовчуванням: ні)
-v [так|ні]
бути багатослівним (за замовчуванням: ні)
-o [ім'я файлу]
переспрямувати вихід у вказаний файл (за замовчуванням: не визначено)
-gzip [так|ні]
записати стиснений вихідний файл gzip (за замовчуванням: ні)
-bzip2 [так|ні]
записати стиснений вихідний файл bzip2 (за замовчуванням: ні)
- сила [так|ні]
примусово записувати у вихідний файл (за замовчуванням: ні)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
Формат файлу для mapping_file:
Наданий файл зіставлення визначає таблицю зіставлення з назвою «chseqids». Він відображає
записи регіону послідовності, подані у файлі GFF3_ для інших імен. Його можна визначити як
наступним чином:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Коли використовується цей приклад, усі ідентифікатори послідовностей «chr1» будуть змінені на «seq1» і всі
ідентифікатори послідовності «chr2» до «seq2».
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-chseqids онлайн за допомогою служб onworks.net
