Це команда gt-csa, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-csa - Перетворіть зрощені вирівнювання з файлу GFF3 у консенсусні зрощені вирівнювання.
СИНТАКСИС
gt CSA [опція ...] [GFF3_file]
ОПИС
- довжина з’єднання [значення]
встановити довжину з’єднання для кластеризації зрощеного вирівнювання (за замовчуванням: 300)
-v [так|ні]
бути багатослівним (за замовчуванням: ні)
-o [ім'я файлу]
переспрямувати вихід у вказаний файл (за замовчуванням: не визначено)
-gzip [так|ні]
записати стиснений вихідний файл gzip (за замовчуванням: ні)
-bzip2 [так|ні]
записати стиснений вихідний файл bzip2 (за замовчуванням: ні)
- сила [так|ні]
примусово записувати у вихідний файл (за замовчуванням: ні)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
ПРИКЛАД:
Припустимо, що у нас є файл GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 що містить
наступні чотири зрощені вирівнювання, що перекриваються (представлені як гени з екзонами як
діти):
##gff-версія 3
##sequence-region seq 1 290
наслід. ген 1 209 . + . ID=ген1
наслід. екзон 1. + . Батько=ген90
наслід. екзон 110. + . Батько=ген190
наслід. екзон 201. + . Батько=ген209
# # #
наслід. ген 1 290 . + . ID=ген2
наслід. екзон 1. + . Батько=ген90
наслід. екзон 101. + . Батько=ген190
наслід. екзон 201. + . Батько=ген290
# # #
наслід. ген 10 290 . + . ID=ген3
наслід. екзон 10. + . Батько=ген90
наслід. екзон 110. + . Батько=ген190
наслід. екзон 201. + . Батько=ген290
# # #
наслід. ген 181 290 . + . ID=ген4
наслід. екзон 181. + . Батько=ген190
наслід. екзон 201. + . Батько=ген290
# # #
Щоб обчислити консенсусні зрощені вирівнювання, ми викликаємо:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Що повертає:
##gff-версія 3
##sequence-region seq 1 290
seq gt csa ген 1 290 . + . ID=ген1
seq gt csa мРНК 1 290 . + . ID=мРНК1;Батьківський=ген1
seq gt csa екзон 1 90 . + . Батьківська = мРНК1
seq gt csa екзон 110 190 . + . Батьківська = мРНК1
seq gt csa екзон 201 290 . + . Батьківська = мРНК1
seq gt csa мРНК 1 290 . + . ID=мРНК2;Батьківський=ген1
seq gt csa екзон 1 90 . + . Батьківська = мРНК2
seq gt csa екзон 101 190 . + . Батьківська = мРНК2
seq gt csa екзон 201 290 . + . Батьківська = мРНК2
# # #
Як бачимо, вони були об’єднані в консенсусне зрощене вирівнювання (показано як
гени з мРНК як діти, які, у свою чергу, мають екзони як діти) з двома альтернативами
форми зрощення. Перше і третє зрощені вирівнювання були об’єднані в перше
альтернативна форма сплайсингу (мРНК1) і другий і четвертий зрощені вирівнювання
друга альтернативна форма сплайсингу (мРНК2).
Як бачимо, другий екзон з першої альтернативної форми сплайсингу коротший за екзон
відповідний екзон з другої альтернативної форми сплайсингу.
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-csa онлайн за допомогою служб onworks.net