gtf2gff3p - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gtf2gff3 - перетворює файли у форматі GTF на дійсні файли GFF3

Версія

Цей документ описує версію 0.1

СИНТАКСИС

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

ОПИС

Цей сценарій перетворить файли у форматі GTF на дійсні файли у форматі GFF3. Це буде карта
значення в стовпці 3 (стовпець \"тип\") є дійсним SO, але оскільки багато нестандартних термінів
може відображатися в цьому стовпці у файлах GTF, ви можете відредагувати файл конфігурації, щоб надати свій власний
Функція GTF для відображення SO. Сценарій також створить моделі генів з екзонів, CDS і
інші функції, наведені у файлі GTF. Зараз тестується на Ensemble і Twinscan
GTF, і він повинен працювати з будь-якими іншими файлами, які відповідають тій же специфікації. Це робить
не працюватиме на GTF із браузера таблиць UCSC, оскільки ці файли використовують той самий ідентифікатор для gen
і транскрипт, тому неможливо згрупувати кілька транскриптів до гена. Див
README, який постачається зі сценарієм для отримання додаткової інформації.

ВАРІАНТИ:

--cfg
Введіть назву файлу конфігурації. Перегляньте файл конфігурації, який надається разом з цим
сценарій для деталей формату. Використовуйте цей файл конфігурації, щоб змінити поведінку
сценарій. Якщо файл конфігурації не надано, він шукає ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg у такому порядку.

--допомога
Надайте детальне довідкове повідомлення про стиль сторінки довідки, а потім вийдіть.

ДІАГНОСТИКА

«ПОМИЛКА: відсутні або нестандартні атрибути: parse_attributes»
Рядок у файлі GTF не мав жодних атрибутів, або його стовпець атрибутів був
нерозбірливий.

«ПОМИЛКА: Функція нетранскриптованого гена не підтримується. Зверніться до автора для підтримки:
build_gene"
Це попередження вказує на те, що рядок було пропущено, оскільки він містив нетранскрипт
функція гена, і код наразі не обладнаний для роботи з цією ознакою.
Напевно, це не надто важко додати, тому зв’яжіться зі мною, якщо ви отримаєте цю помилку, і зробите це
хочу, щоб ці функції підтримувалися.

«ПОМИЛКА: для побудови стенограми потрібно мати принаймні екзони або CDS: build_trnsc»
Деякі функції мали transcript_id, але з ними не було пов’язаних екзонів або CDS
що transcript_id, тому сценарій не зміг створити стенограму.

"ПОМИЛКА: конфлікт seq_id: validate_and_finish_trnsc"
Знайдено дві функції в одній транскрипції, які не мають однакового seq_id.

"ПОМИЛКА: конфлікт джерела: validate_and_finish_trnsc"
Знайдено дві функції в одній транскрипції, які не мають того самого джерела.

"ПОМИЛКА: конфлікт типу: validate_and_finish_trnsc"
Знайдено дві функції в одній транскрипції, які, як очікується, мали однакову функцію
типу, але вони цього не зробили.

"ПОМИЛКА: конфлікт потоків: validate_and_finish_trnsc"
Знайдено дві функції в одній транскрипції, які не мають спільного ланцюга.

«ПОМИЛКА: конфлікт seq_id: validate_and_build_gene»
Знайдено дві особливості в одному гені, які не мають однакового seq_id.

«ПОМИЛКА: конфлікт джерела: validate_and_build_gene»
Знайдено дві особливості в одному гені, які не мають того самого джерела.

«ПОМИЛКА: конфлікт ланцюга: validate_and_build_gene»
Знайдено дві особливості в одному гені, які не мають однакового ланцюга.

«ПОМИЛКА: конфлікт ідентифікатора_гену: перевірити_і_побудувати_ген»
Знайдено дві особливості в одному гені, які не мають однакового gene_id.

«ФАЛЛІЧНО: Не вдається відкрити файл GTF: file_name для читання».
Не вдалося відкрити файл GTF для читання.

«ФАТАЛЬНО: для створення транскриптів потрібні екзони або CDS: process_start»
Функція start_codon була анотована, але не було пов’язаних екзонів або CDS
з цим transcript_id, тому сценарій не вдалося.

"ФАТАЛЬНО: неперевірений код у process_start. Зверніться до автора для підтримки."
Сценарій написаний для визначення початкового кодону на основі наявності 5' UTR, але ми
Не було прикладів GTF такого типу, коли ми писали код, тому ми швидше припинили процес
ніж запустити неперевірений код. Зверніться до автора для підтримки.

«ФАТАЛЬНЕ: Недійсний набір функцій: process_start»
Ми спробували розглянути всі можливі способи визначення початкового кодону або висновку про не-
кодуючого гена, але ми зазнали невдачі. Ваше поєднання генних особливостей не робить
сенс для нас. Ви ніколи не повинні отримати цю помилку, і якщо вона з’явиться, ми б дуже хотіли її побачити
файл GTF, який його створив. Будь ласка, зв'яжіться з автором для підтримки.

«ФАТАЛЬНО: для створення транскриптів потрібні екзони або CDS: process_stop»
Функція stop_codon була анотована, але не було пов’язаних екзонів або CDS
що transcript_id, тому сценарій не вдалося.

"ФАТАЛЬНО: неперевірений код у process_stop. Зверніться до автора для підтримки."
Сценарій написаний для визначення стоп-кодону на основі наявності 3' UTR, але ми
Не було прикладів GTF такого типу, коли ми писали код, тому ми швидше припинили процес
ніж запустити неперевірений код. Зверніться до автора для підтримки.

"ФАТАЛЬНЕ: Недійсний набір функцій: process_stop"
Ми спробували розглянути всі можливі способи виведення стоп-кодону або виведення не-
кодуючого гена, але ми зазнали невдачі. Ваше поєднання генних особливостей не робить
сенс для нас. Ви ніколи не повинні отримати цю помилку, і якщо вона з’явиться, ми б дуже хотіли її побачити
файл GTF, який його створив. Будь ласка, зв'яжіться з автором для підтримки.

«ФАТАЛЬНО: Недійсний набір функцій: process_exon_CDS_UTR»
Ми спробували розглянути всі можливі способи виведення екзонів, CDS і UTR, і все ж ми це зробили
не вдалося. Ваша комбінація генних особливостей для нас не має сенсу. Ви дійсно
має коли-небудь отримати цю помилку, і якщо ви отримаєте, ми б дуже хотіли побачити файл GTF, який
створив його. Будь ласка, зв'яжіться з автором для підтримки.

"ФАЛЛ: Потрібне посилання на масив: sort_features."
Користувач не повинен ініціювати цю помилку. Це майже напевно вказує на a
програмна помилка. Будь ласка, зв'яжіться з автором.

«ФАЛЛІЧНО: Неможливо визначити ланцюг у: sort_feature_types.»
Це може означати, що ваш файл GTF не вказує на ланцюг для функцій, які
вимагати цього. Це також може вказувати на програмну помилку. Будь ласка, зв'яжіться з автором.

"ФАЛЛ: Потрібне посилання на хеш: sort_feature_types."
Користувач не повинен ініціювати цю помилку. Це майже напевно вказує на a
програмна помилка. Будь ласка, зв'яжіться з автором.

«ФАТАЛЬНО: Недійсне значення передано до нитки: нитка».
Це може означати, що ваш файл GTF не вказує на ланцюг для функцій, які
вимагати цього. Розгляньте можливість використання параметра DEFAULT_STRAND у файлі конфігурації. Це може
також вказують на програмну помилку. Будь ласка, зв'яжіться з автором.

КОНФІГУРАЦІЯ І НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

Файл конфігурації надається разом із цим сценарієм. Сценарій шукатиме це
конфігураційний файл у ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg або /etc/gtf2gff3.cfg у такому порядку.
Якщо файл конфігурації не знайдено в одному з цих місць і його не надано
за допомогою прапорця --cfg він намагатиметься вибрати деякі розумні значення за замовчуванням, але ви дійсно повинні надати
конфігураційний файл. Перегляньте сам файл конфігурації, а також файл README
який постачається з цим пакетом для форматування та деталей щодо файлу конфігурації.

ЗАЛЕЖНОСТІ

Для цього сценарію потрібні такі пакети perl, доступні в CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Long; використовуйте Config::Std;

НЕСУМІСНІСТЬ

Не повідомлялося.

Використовуйте gtf2gff3p онлайн за допомогою сервісів onworks.net