Це команда hhconsensus, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
hhconsensus - обчислює послідовність консенсусу для вхідного файлу A3M/FASTA
СИНТАКСИС
hhconsensus -i [опції]
ОПИС
HHconsensus версія 2.0.16 (січень 2013 р.) Обчисліть послідовність консенсусу для
Вхідний файл A3M/FASTA. (C) Йоганнес Зодінг, Майкл Реммерт, Андреас Бігерт, Андреас
Хаузер Реммерт М., Бігерт А., Хаузер А. і Содінг Дж. Х.Х. Бліц: блискавичне повторення
пошук послідовності білка за вирівнюванням HMM-HMM. Нац. Методи 9:173-175 (2011).
-i
вирівнювання запитів (A2M, A3M або FASTA) або запит HMM
Вихід опції:
-s
додати консенсусну послідовність у FASTA (за замовчуванням= )
-o
написати вирівнювання з консенсусною послідовністю в A3M
-оа3м
то ж
-оа2м
написати вирівнювання з консенсусною послідовністю в A2M
-офас
записати вирівнювання з консенсусною послідовністю у FASTA
-v
докладний режим: 0: немає виводу на екран 1: тільки попередження 2: докладно
фільтр вхід вирівнювання (варіанти може be комбінований):
-ідентифікатор [0,100] максимальна ідентичність парної послідовності (%) (def=100)
-різн [0,inf[ фільтрує найрізноманітніший набір послідовностей, зберігаючи принаймні це
багато послідовностей у кожному блоці >50 стовпців (def=0)
-cov [0,100] мінімальне покриття із запитом (%) (def=0)
-qid [0,100] мінімальна ідентичність послідовності із запитом (%) (def=0)
-qsc [0,100] мінімальний бал за стовпець із запитом (def=-20.0)
вхід вирівнювання формат:
-M a2m використовувати A2M/A3M (за замовчуванням): верхній регістр = відповідність; нижній регістр = Вставка; '-' = Видалити; '.' =
зазори, вирівняні зі вставками (можуть бути пропущені)
-M перший
використовуйте FASTA: стовпці із залишком у 1-й послідовності є відповідними станами
-M [0,100]
використовуйте FASTA: стовпці з пробілами менше ніж X% є станами відповідності
Інше опції:
-додає додати передбачувану інформацію про вторинну структуру від PSIPRED
Приклад: hhconsensus -i stdin -s stdout
Використовуйте hhconsensus онлайн за допомогою служб onworks.net
