hmmemit - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

hmmemit - зразки послідовностей з профілю HMM

СИНТАКСИС

хммміміт [параметри] hmmфайл

ОПИС

Команда хммміміт програма відбирає (видає) послідовності з профілю HMM в hmmфайл та
записує їх на вихід. Послідовності вибірки можуть бути корисними для різних цілей,
включаючи створення синтетичних істинно позитивних результатів для порівняльних показників або тестів.

За замовчуванням береться вибірка однієї невирівняної послідовності з основної ймовірнісної моделі, яка
означає, що кожна послідовність складається з одного домену повної довжини. Як варіант, з -c
варіант, ви можете випромінювати послідовність консенсусу за правилом більшості; або з -a варіант, ти
може видавати вирівнювання (у цьому випадку ви, ймовірно, також захочете встановити -N до чогось іншого
ніж стандартна 1 послідовність на модель).

Як інший варіант, з -p ви можете вибрати послідовність із повністю налаштованого
Профіль пошуку HMMER. Це означає вибірку «гомологічної послідовності» за визначенням HMMER,
включаючи негомологічні фланкуючі послідовності, локальні вирівнювання та численні домени на
послідовність, залежно від довжини моделі та режиму вирівнювання, обраного для профілю.

Команда hmmфайл може містити бібліотеку HMM, у цьому випадку кожен HMM використовуватиметься по черзі.

може бути '-' (тире), що означає читання цього введення з stdin а не файл.

ЗАГАЛЬНИЙ ВАРІАНТИ

-h Допомога; надрукувати коротке нагадування про використання командного рядка та всі доступні параметри.

-o Спрямуйте вихідні послідовності у файл , а не до stdout.

-N Зразок послідовності на модель, а не лише одну.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ ЩО TO ЕМІТУВАТИ

Типовим є вибірка N послідовності з основної моделі. Крім того, ви можете вибрати
одну (і тільки одну) з наступних альтернатив.

-a Виділіть вирівнювання для кожного HMM у hmmфайл а не вибірка невирівняних
послідовності по одній.

-c Видавати консенсусну послідовність за правилом множини замість вибірки послідовності з
профіль розподілу ймовірностей HMM. Консенсусна послідовність формується
вибір залишку максимальної ймовірності в кожному стані відповідності.

-C Випустіть більш химерну консенсусну послідовність за правилом множини, ніж -c варіант. Якщо максимум
ймовірність залишку має p хв покажіть його як «будь-який» залишок у нижньому регістрі (n або x); якщо
p >= хв та MINU покажіть його як залишок у нижньому регістрі; а якщо p >= MINU показати це як
залишок у верхньому регістрі. Налаштування за замовчуванням MINU та хв обидва дорівнюють 0.0, що
засоби -C дає такий самий вихід, як -c якщо ви також не встановили MINU та хв до чого ти
хочеш

-p Зразок невирівняних послідовностей із профілю неявного пошуку, а не з ядра
модель. Основна модель складається лише з гомологічних станів (між поч
і кінцеві стани моделі HMMER Plan7). Профіль включає негомологічний N,
Стани C і J, конфігурація локального/глобального алгоритму та алгоритму uni/multihit, а також
модель цільової довжини. Тому послідовності, відібрані з профілю, можуть включати
негомологічні, а також гомологічні послідовності, і можуть містити більше однієї
сегмент гомологічної послідовності. За замовчуванням профіль працює в локальному режимі з кількома зверненнями
довжина цільової послідовності налаштована на L=400.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ ВИПУСК З ПРОФІЛІ

Ці параметри вимагають встановлення -p варіант.

-L Налаштуйте модель довжини цільової послідовності профілю, щоб створити середню довжину
приблизно замість стандартного значення 400.

--місцевий
Налаштуйте профіль для багаторазового локального вирівнювання.

--однолокальний
Налаштуйте профіль для локального вирівнювання unihit (Smith/Waterman).

--глокальний
Налаштуйте профіль для глобального вирівнювання з кількома зверненнями.

--уніглокальний
Налаштуйте профіль для глобального вирівнювання unihit.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ УЯВА КОНСЕНСУС ВИПУСК

Ці параметри вимагають встановлення -C варіант.

--мін
Встановлює хв поріг для відображення слабко збережених залишків у нижньому регістрі. (0 <=
х <= 1)

--міну
Встановлює MINU порогове значення для показу сильно консервативних залишків у верхньому регістрі. (0
<= x <= 1)

ІНШІ ВАРІАНТИ

--насіння
Заповніть генератор випадкових чисел за допомогою , ціле число >= 0. Якщо ненульовий, будь-який
стохастичні моделювання будуть відтворюваними; та сама команда дасть те саме
результати. Якщо дорівнює 0, генератор випадкових чисел заповнюється довільно, і
стохастичні симуляції будуть відрізнятися від виконання до виконання однієї і тієї ж команди. За замовчуванням
дорівнює 0: використовуйте довільне початкове значення, тобто інше хммміміт запускає генерувати різні
зразки.

Використовуйте hmmemit онлайн за допомогою сервісів onworks.net