Це команда hmmfetch, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
hmmfetch - отримати профіль HMM(s) з файлу
СИНТАКСИС
hmmfetch [параметри]
(отримує назву HMM )
hmmfetch -f [параметри]
(отримує всі HMM, перераховані в )
hmmfetch --індекс [параметри]
(індекси для отримання)
ОПИС
Швидко отримує один або кілька профільних HMM з (велика база даних Pfam, для
приклад).
Для максимальної швидкості спочатку слід проіндексувати, використовуючи hmmfetch --індекс,
index — це двійковий файл з іменем .ssi. Однак це не обов’язково, і пошук буде здійснюватися
все ще працюють із неіндексованими файлами, хоча й набагато повільніше.
Режим за замовчуванням — отримати один профіль за назвою або приєднанням, який називається .
Наприклад:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
З -f варіант, a Замість цього читається список з одного або кількох ключів.
Перше поле, розділене пробілами в кожному непустому рядку без коментарів
використовується як , а дані, що залишилися в рядку, ігноруються. Це дозволяє різноманітність
файлів даних, розділених пробілами, які будуть використовуватися як с.
При використанні -f і , Якщо hmmфайл було проіндексовано, ключі витягуються в
порядку вони відбуваються в ключовий файл, але якщо hmmфайл не індексується, ключі витягуються в
порядку вони відбуваються в hmmфайл. Це побічний ефект реалізації, яка дозволяє
кілька ключів, які потрібно отримати, навіть якщо це потік, який не можна перемотувати, як a
стандартна вхідна труба.
При нормальному використанні (без --індекс or -f варіанти), може бути "-" (тире), що означає
читання введених даних з stdin а не файл. З --індекс варіант не може
бути '-'; немає сенсу індексувати стандартний вхідний потік. З -f варіант
або or (але не обидва) може бути "-". Часто це особливо корисно
читати зі стандартного введення, оскільки це дозволяє використовувати довільну команду
виклики рядків, щоб створити список імен HMM або приєднань, а потім отримати їх усі до нового
файл, лише однією командою.
За замовчуванням отримані HMM друкуються на стандартному виводі у форматі HMMER3.
ВАРІАНТИ
-h Допомога; надрукувати коротке нагадування про використання командного рядка та всі доступні параметри.
-f Другим аргументом командного рядка є a замість єдиного ,
перше поле в кожному рядку використовується як пошуковий (назва HMM
або приєднання). Порожні рядки та рядки коментарів (що починаються з символу #).
ігнорується.
-o Вивести HMM(s) у файл замість стандартного виведення.
-O Вивести HMM(и) в окремі файли з іменем замість стандартного виведення. З
-f це може призвести до створення багатьох файлів.
--індекс
Замість отримання одного чи кількох профілів із , індексуйте та цінності
майбутні пошуки. Це створює а .ssi файл двійкового індексу.
Використовуйте hmmfetch онлайн за допомогою служб onworks.net
