img2dcm - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

img2dcm - Перетворення стандартних форматів зображень у формат DICOM

СИНТАКСИС

img2dcm [параметри] imgfile-in dcmfile-out

ОПИС

Команда img2dcm інструмент служить інструментом перетворення зі стандартного формату зображення, такого як JPEG або BMP
до DICOM. Можна вибрати різні вихідні класи SOP. Додаткова інформація
(щодо пацієнтів, серії тощо), які зберігаються у вихідному файлі DICOM, можна витягти
інші файли DICOM, які служать «шаблоном» для отриманого об'єкта DICOM. img2dcm може
також бути налаштованим на винахід відсутніх атрибутів DICOM типу 1 і типу 2, щоб вони працювали навіть
без будь-якого набору даних шаблону.

ПАРАМЕТРИ

файл зображення imgfile-in для імпорту

dcmfile-out вихідний файл DICOM

ВАРІАНТИ

загальний опції
-h --допомога
роздрукувати цей текст довідки та вийти

-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти

-- аргументи
друкувати розширені аргументи командного рядка

-q -- тихо
тихий режим, друк без попереджень і помилок

-v -- багатослівний
докладний режим, деталі обробки друку

-d --налагодження
режим налагодження, друк налагоджувальної інформації

-ll --log-level [l]рівень: рядкова константа
(фатальна, помилка, попередження, інформація, налагодження, відстеження)
використовуйте рівень l для реєстратора

-lc --log-config [f]ім'я файлу: рядок
використовуйте файл конфігурації f для реєстратора

вхід опції
загальне:

-i --input-format [i]nput формат файлу: рядок
підтримувані формати: JPEG (за замовчуванням), BMP

-df --dataset-from [f]filename: рядок
використовувати набір даних із файлу DICOM f

-stf --study-from [f]ilename: рядок
прочитати пацієнта/дослідження з файлу DICOM f

-sef --series-from [f]ilename: рядок
прочитати пацієнта/дослідження/серію з файлу DICOM f

-ii --екземпляр-вкл
збільшити номер екземпляра, прочитаний з файлу DICOM

Формат JPEG:

-dp --disable-progr
вимкнути підтримку прогресивного JPEG

-de --disable-ext
вимкнути підтримку розширеного послідовного JPEG

-jf --наполягати-на-jfif
наполягати на існуванні заголовка JFIF

-ka --keep-appn
зберігати розділи APPn (крім JFIF)

обробка опції
перевірка атрибутів:

--здійснюйте перевірки
увімкнути перевірку дійсності атрибутів (за замовчуванням)

--без перевірок
вимкнути перевірку дійсності атрибутів

+i2 --вставити тип2
вставити відсутні атрибути типу 2 (за замовчуванням)
(тільки з --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
не вставляйте відсутні атрибути типу 2
(тільки з --do-checks)

+i1 --винайти-тип1
винайти відсутні атрибути типу 1
(тільки з --do-checks)

-i1 --не-тип1-вигадувати
не вигадуйте відсутні атрибути типу 1
(тільки з --do-checks)

набір символів:

+l1 --латиниця1
встановити latin-1 як стандартний набір символів (за замовчуванням)

-l1 --no-latin1
зберегти 7-бітовий ASCII як стандартний набір символів

інші варіанти обробки:

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", шлях або ім'я словника="str"
додати ще один атрибут

вихід опції
цільовий клас SOP:

-sc --sec-захоплення
напишіть клас Secondary Capture SOP

-nsc --новий-sc
написати нові класи Secondary Capture SOP

-vlp --vl-фото
написати клас SOP для фотографій видимого світла (за замовчуванням)

формат вихідного файлу:

+F --записати-файл
формат запису файлу (за замовчуванням)

-F --запис-набір даних
записувати набір даних без метаінформації файлу

кодування довжини групи:

+g= --перерахунок довжини групи
перерахувати довжину груп, якщо є (за замовчуванням)

+g --створювати довжину групи
завжди пишіть з елементами довжини групи

-g --довжина-групи-видалити
завжди пишіть без елементів довжини групи

кодування довжини в послідовностях і елементах:

+e --довжина-явна
писати з явною довжиною (за замовчуванням)

-e --довжина-невизначена
писати з невизначеною довжиною

Завершення набору даних (не з --write-dataset):

-p --adding-off
без заповнення (неявно якщо --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: ціле
вирівняти файл за кількістю f байтів
і елементи на кілька байтів i

ПРИМІТКИ

атрибут Джерела
Для перетворення загального формату зображення у формат DICOM, img2dcm застосування може бути
подається з деякими додатковими вхідними для заповнення обов'язкових (і необов'язкових) атрибутів у new
Файл DICOM, як-от інформація про пацієнта, дослідження та серію. Цю інформацію можна зібрати
з використанням різних підходів, які можна комбінувати та застосовувати до файлу результатів у
такий порядок:

· Використання --набір даних-від варіант img2dcm змушений імпортувати атрибути з наявного
DICOM файл. Даний файл DICOM повністю імпортується і служить основою для всіх
подальші експортні операції. Як виняток, UID екземпляра SOP не копіюється
варіант. Також під час конвертації обмінюються даними, пов’язаними з зображеннями, такими як рядки, стовпці тощо.
Зверніть увагу, що img2dcm не перевіряє будь-які інші значення атрибутів на дійсність, наприклад
не розглядати послідовності, щоб адаптувати будь-які атрибути до нового об’єкта (зображення на посилання
тощо). Тому рекомендується використовувати шаблони в каталозі даних для (старого)
Об'єкти SC і VLP. Дивіться також розділ «Шаблони введення».
· --навчання-від та --серія-від параметри (взаємовиключні) можна використовувати для імпорту
інформацію про пацієнта, дослідження та серію з існуючого файлу DICOM. Якщо --серія-від is
вказано, то даний файл DICOM відкривається за допомогою img2dcm і вся обов'язкова інформація
до рівня серії імпортується. Зауважте, що це включає пацієнта, дослідження та серії
інформації. В випадку --навчання-від, інформація про серію виключена. Наступне
переймаються атрибути:
Рівень пацієнта:
Ім'я пацієнта
Ідентифікатор пацієнта
Стать пацієнта
Дата народження пацієнта
Спеціальний набір символів

Рівень навчання:
UID екземпляра дослідження
Дата навчання
Час навчання
Ім'я референтного лікаря
Ідентифікатор навчання
Номер вступу

Рівень серії (тільки у випадку опції --series-from):
UID екземпляра серії
Номер серії
виробник
· З --insert-type2 та --invent-type1 параметри (обидва активовані за замовчуванням), відсутні
атрибути (атрибути типу 2) та/або відсутні значення атрибутів (для атрибутів типу 1)
автоматично додаються та винаходять img2dcm. Зверніть увагу, що ці параметри є лише
оцінюється, якщо варіант --здійснюйте перевірки увімкнено (за замовчуванням). Якщо --без перевірок варіанти є
увімкнено, автоматичне вставлення атрибутів не відбуватиметься.
· --ключ параметр можна використовувати для додавання додаткових атрибутів до вихідного файлу DICOM. Це
Параметр застосовується в самому кінці, безпосередньо перед збереженням файлу DICOM. Це також
можна вказати послідовності, елементи та вкладені атрибути за допомогою --ключ варіант. в
у цих випадках слід використовувати спеціальне позначення "шляху". Докладні відомості про цей шлях позначення можна
можна знайти в документації dcmdify.
UID
Створено нові ідентифікатори UID екземплярів дослідження та серії if необхідно після застосування --вивчення-
від та --серія варіанти. Якщо UID екземпляра дослідження або UID екземпляра серії відсутні
після цих кроків вони знову генеруються незалежно один від одного. А навпаки
поведінка вибирається для UID екземпляра SOP, який можна було б очікувати, коли він буде прийнятий
використання --набір даних-від варіант. Це НЕ У цьому випадку є UID екземпляра SOP НЕ скопійовано
до нового об'єкта. Це має бути бажаною поведінкою для більшості випадків використання. Однак, якщо а
певний UID екземпляра SOP слід вставити в новий об’єкт, the --ключ варіант повинен
бути використаним.
вхід шаблони
Для підтримки перетворення в DICOM, img2dcm постачається з деякими попередньо визначеними шаблонами
які можна використовувати для --набір даних-від параметр (див. зразки файлів СК.звалище та VLP.dump).
Ці шаблони мають бути заповнені потрібними значеннями, а потім їх потрібно скинути
(перетворено) у файл DICOM перед фактичним використанням img2dcm. Використовувати dump2dcm до
конвертувати дамп в DICOM. приклад:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

Як шаблон можна використовувати будь-який файл DICOM. Зверніть увагу, що повний DICOM
набір даних імпортується; отже, слід бути впевненим, що присутні лише атрибути, які
має бути частиною створеного об'єкта DICOM. UID класу SOP і Pixel Data
атрибути (включаючи такі атрибути, як рядки, стовпці тощо) не копіюються, а замінюються на
img2dcm під час перетворення.
вхід Модулі
Команда img2dcm На даний момент програма підтримує формат зображення JPEG і BMP як вхід.
JPEG вхід Підключати
Для JPEG вихідний JPEG з вихідного файлу не декодується, а витягується і трохи
трансформовано (наприклад, заголовок JFIF відрізано), щоб забезпечити швидке перетворення навіть великих файлів JPEG
без необхідності декодування та перекодування. Плагін JPEG вибирає необхідний вихід
Синтаксис передачі автоматично залежить від фактичного кодування даних всередині JPEG
файл. Таким чином, наступні синтаксиси передачі (і відповідні їм кодування JPEG)
використовуються плагіном JPEG:
· Процес кодування JPEG 1 базовий, із втратами, неієрархічний, послідовний, DCT, Huffman, 8 біт
Клас SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Процес кодування JPEG 2 (8 біт) і 4 (12 біт) розширений, з втратами, неієрархічний,
Послідовний, DCT, Huffman, 8/12-бітовий клас SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Процес кодування JPEG 10 (8 біт) і 12 (12 біт) Повна прогресія, з втратами, без ієрархії,
Прогресивний, DCT, Huffman, 8/12-розрядний клас SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Підтримуються кольорові та сірі зображення.
Підтримку розширеного синтаксису передачі JPEG можна вимкнути (--disable-ext опція)
а також підтримка (залишеного) прогресивного синтаксису передачі JPEG (--disable-progr
варіант).
Кодування JPEG без втрат, а також будь-які арифметичні або ієрархічні режими кодування JPEG є
не підтримується плагіном.
Інформація JFIF (формат обміну файлами JPEG) полегшує використання додаткових маркерів APPn в a
JPEG файл. Багато цифрових камер не інтегрують таку інформацію JFIF в JPEG
вихід, який вони створюють. Наприклад, JFIF містить інформацію про співвідношення сторін пікселя
стиснене зображення. Якщо ви хочете, img2dcm додаток, щоб наполягати на заголовку JFIF
потік JPEG, ви можете скористатися опцією --insist-on-jfif який припиниться, якщо немає JFIF
інформацію можна знайти. За замовчуванням відсутня інформація JFIF ігнорується.
Для DICOM це свого роду «сіра зона», чи то інтеграція JFIF (або будь-якого іншого APPn)
дані у внутрішній потік JPEG об’єкта DICOM дозволені чи ні. Проте найбільше
надійний підхід полягає в тому, щоб вирізати ці маркери та їх інформацію з потоку JPEG. Це
підхід також використовується img2dcm додаток. За замовчуванням усі маркери APPn вирізаються
вимкнено з оригінального потоку JPEG. Однак, якщо ви хочете зберегти інші маркери APPn, ніж
JFIF (наприклад, інформація EXIF) всередині потоку DICOM, параметр --keep-appn робить
трюк. Це також має бути трохи швидше, ніж відсікання інформації APPn, тому що це так
немає необхідності сканувати весь потік JPEG на наявність таких даних. Інформація JFIF є завжди
видалено img2dcm.
BMP вхід Підключати
img2dcm підтримує BMP як формат введення. Однак поки що є лише найпоширеніші зображення BMP
підтримується. Зокрема, будуть зображення BMP, які використовують бітові поля або кодування довжини виконання
відхилено. Такі зображення рідкість. Усі вхідні зображення будуть перетворені в зображення DICOM
з колірною моделлю RGB і бітовою глибиною 24. Специфічних параметрів тонкого налаштування немає
Перетворення формату BMP.
Вихід Модулі
Потрібний вихідний клас SOP можна вибрати в командному рядку. В даний час експорт
плагін для класу Secondary Capture Image SOP (за замовчуванням, опція -sc), новий Secondary
Захоплення класів SOP зображення (опціонально -nsc) і клас SOP фотографічних зображень видимого світла
(варіант -вл) доступні. Зверніть увагу, що перший не підтримується відповідно до
Стандарт DICOM, але вибрано за замовчуванням, оскільки він широко підтримується. Майбутнє
версії img2dcm може надавати додаткові плагіни виведення для інших класів SOP.
Для нових класів Secondary Capture SOP неможливо вказати, які саме
Для виведення слід використовувати клас SOP. Це тому, що ці нові класи SOP є
відрізняються один від одного глибиною кольору (1/8/16) і тим, чи є зображення
чорно-білий або кольоровий. Ось чому img2dcm під час перетворення вирішує, який вихідний SOP
клас підходить для даного вихідного зображення.

ПРИКЛАДИ

Ось кілька прикладів, які показують, як img2dcm додаток можна використовувати.
1. img2dcm image.jpg out.dcm
Прочитайте файл JPEG 'image.jpg', перетворіть у старий клас Secondary Capture SOP та збережіть
результат у файл DICOM 'out.dcm'. Це найпростіший спосіб використання img2dcm. Будь-який тип
Атрибути 1 і типу 2 необхідні для запису дійсних об'єктів цього класу SOP
вставлено автоматично.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
Те саме, що вище, але повідомляє img2dcm читати файл BMP замість JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
Те саме, що й у першому прикладі, але записує об’єкт фотографічного зображення видимого світла в 'out.dcm'
і встановлює PatientName на "Bond^James", який інакше залишився б порожнім.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
Те саме, що 1), але імпортує інформацію про пацієнта/дослідження/серію з файлу DICOM
'template.dcm'. Зверніть увагу, що атрибут PatientName міститиме "Bond^James" at
в кінці будь-яке значення з 'template.dcm' буде перезаписано. Тобто, тому що -k
Опція застосовується в самому кінці конвеєра перетворення (див. вище).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --без перевірок
Те саме, що 1), але не виконує жодної перевірки атрибутів і не виконує тип 1 і тип 2
вставка атрибута! Таким чином, у цьому випадку буде згенерований недійсний об’єкт DICOM. Це
може бути цікавим, якщо вихідний файл не призначений для завершення, а буде проходити
подальші трансформації, наприклад, додавання атрибутів за допомогою dcmdify. Використовуйте тільки опцію --немає-
перевірки якщо ти знаєш що робиш!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
Те саме, що 1), але не вставляє відсутні атрибути типу 1 та/або їх значення. Тип 2
будуть вставлені атрибути. Зауважте, що в цьому випадку потрібно бути впевненим, що всі типи 1
атрибути надаються іншими способами, тобто шляхом додавання їх разом із --ключ варіант.
Інакше img2dcm повідомить про помилку та припинить перетворення.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
Те саме, що 1), але переймає інформацію APPn, як-от EXIF, в об’єкт DICOM
отриманий потік JPEG. далі, --insist-on-jfif змусить img2dcm перервати, якщо ні
Інформація JFIF існує у вихідному файлі.

ВХІД

Рівень виводу журналу різних інструментів командного рядка та базових бібліотек може
вказується користувачем. За замовчуванням до стандарту записуються лише помилки та попередження
потік помилок. Використання опції -багатослівний також інформаційні повідомлення, як-от деталі обробки
повідомляється. Варіант --відлагоджувати можна використовувати для отримання більш детальної інформації про внутрішню діяльність,
наприклад, для налагодження. Інші рівні реєстрації можна вибрати за допомогою параметра --log-
рівень, в --спокійно режим повідомляється лише про смертельні помилки. У таких дуже серйозних помилках,
програма зазвичай припиняється. Щоб отримати докладнішу інформацію про різні рівні реєстрації,
див. документацію модуля 'oflog'.
У випадку, якщо вихідні дані журналу потрібно записати у файл (за бажанням з ротацією файлу журналу),
у системний журнал (Unix) або в журнал подій (Windows). --log-config може бути використаний. Це
конфігураційний файл також дозволяє направляти лише певні повідомлення на певний вихід
потоку та для фільтрації певних повідомлень на основі модуля чи програми, де вони
генеруються. Приклад файлу конфігурації наведено в /logger.cfg.

КОМАНДА ЛІНІЯ

Усі інструменти командного рядка використовують такі позначення параметрів: квадратні дужки
необов’язкові значення (0-1), три крапки в кінці вказують на те, що можна використовувати декілька значень
(1-n), комбінація обох означає від 0 до n значень.
Параметри командного рядка відрізняються від параметрів провідним знаком «+» або «-»,
відповідно. Зазвичай порядок і положення параметрів командного рядка довільні (тобто вони
може з'явитися де завгодно). Однак, якщо варіанти взаємовиключні, крайній правий зовнішній вигляд
використовується. Така поведінка відповідає стандартним правилам оцінки звичайних оболонок Unix.
Крім того, один або кілька командних файлів можна вказати, використовуючи знак «@» як префікс до
ім'я файлу (напр @command.txt). Такий аргумент команди замінюється вмістом
відповідний текстовий файл (кілька пробілів розглядаються як один роздільник, якщо
вони з’являються між двома лапками) перед будь-яким подальшим оцінюванням. Будь ласка, зверніть увагу, що
командний файл не може містити інший командний файл. Це простий, але ефективний підхід
дозволяє узагальнити загальні комбінації параметрів/параметрів і уникає довгих і
заплутані командні рядки (приклад наведено у файлі /dumppat.txt).

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

Команда img2dcm утиліта спробує завантажити словники даних DICOM, зазначені в
DCMDICTPATH змінна середовища. За замовчуванням, тобто якщо DCMDICTPATH змінна оточення
не встановлено, файл /dicom.dic буде завантажено, якщо словник не буде створено
в програму (за замовчуванням для Windows).
Слід віддавати перевагу поведінці за замовчуванням та DCMDICTPATH тільки змінна середовища
використовується, коли потрібні альтернативні словники даних. The DCMDICTPATH змінна оточення
має той самий формат, що й оболонка Unix PATH змінна, що розділяється двокрапкою (':').
записи. У системах Windows крапка з комою (';') використовується як роздільник. Словник даних
код спробує завантажити кожен файл, зазначений у файлі DCMDICTPATH змінна середовища. Це
є помилкою, якщо не вдається завантажити словник даних.

Використовуйте img2dcm онлайн за допомогою служб onworks.net