Цю команду можна виконати в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
indeleble - потужний і гнучкий симулятор біологічної еволюції
СИНТАКСИС
незмивний
Жодні параметри не можуть передаватися через командний рядок.
ОПИС
незмивний може імітувати еволюцію багаторозділених нуклеотидів, амінокислот або кодонов
набори даних через безперервні процеси вставки, видалення та заміни
час. Підтримуються всі поширені еволюційні моделі.
Повна документація для незмивний доступний під
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
КОНФІГУРАЦІЯ
незмивний зчитує налаштування для запуску моделювання з файлу з іменем control.txt в
поточний каталог. Файл розбитий на блоки, кожен з яких контролює один
окремий аспект моделювання. Блоки можуть містити додаткові підблоки. Коментарі можуть
надаватися у стилі C або C++. Якщо незмивний виконується без наявності контрольного файлу, an
створюється файл прикладу.
[ТИП] тип
Кожен контрольний файл повинен починатися з a TYPE блокувати. Можливі типи НУКЛЕОТИД,
АМІНОКИСЛОТА та КОДОН.
[НАЛАШТУВАННЯ]
Цей блок визначає неістотні параметри користувача, такі як типи вихідних файлів і
формати, початкові дані для генератора випадкових чисел і чи потрібно виводити детальні дані
звіти.
[МОДЕЛЬ] назва моделі
Цей блок запускає нову еволюційну модель, яка буде використовуватися для моделювання. The
конкретні параметри, включаючи моделі заміщення, показники індель і кодон-сайт
моделями керують через підмоделі. назва моделі може бути будь-яке ім’я на ваш вибір.
[ДЕРЕВО] ім'я дерева newick
Цей блок використовується для вказівки направляючого дерева з заданою назвою ім'я дерева.
Еволюційні відстані представлені як довжини гілок для дерева в НЬЮІК
Формат.
[ФІЛІЇ]
Ці блоки використовуються для моделювання нестаціонарних і неоднорідних процесів.
На різних гілках направляючого дерева можна вказувати різні моделі
гілки мати різні моделі заміщення, розподіл довжини indel, швидкість
неоднорідність, базовий склад тощо.
[РАЗДІЛИ] ім'я розділу
Під час кожного запуску можна моделювати декілька розділів послідовності. Для кожного розділу
необхідно вказати направляюче дерево, еволюційну модель і довжину послідовності.
[РОЗВИВАТИСЯ]
У цьому блоці може бути створено кілька реплік розділу.
АВТОРСЬКЕ
Авторські права © 2010 Вільяма Флетчера Ліцензія GPLv3+: GNU GPL версії 3 або новішої.
Це безкоштовне програмне забезпечення: ви можете змінювати та розповсюджувати його. ГАРАНТІЇ НЕМАЄ,
в межах, дозволених законом. Повний текст ліцензії доступний за адресою
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Автори
Вільям Флетчер і Цзихен Ян (2009). INDELible: гнучкий симулятор біологічного
еволюція послідовності, Молекулярний Біологія та Evolution, 26(8): 1879-1888.
Використовуйте незмивний онлайн за допомогою служб onworks.net
