Це команда insegt, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
insegt - Послідовність даних другого покоління, що перетинаються, з анотацією
СИНТАКСИС
вставити [ОПЦІЇ]
ОПИС
INSEGT — це інструмент для аналізу вирівнювань зчитування RNA-Seq (одного або парного кінця)
за допомогою генних анотацій.
Вхідні дані для INSEGT – це файл SAM, що містить вирівнювання, і файл, що містить
анотації еталонного геному у форматі GFF або GTF.
-h, --допомога
Відображає це повідомлення довідки.
-- версія
Показати інформацію про версію
Параметри: :
-ро, --читання-виведення Фото
Вивести ім’я файлу для читання-виведення, яке містить зіставлені анотації, за якими слідує
їх батьківську анотацію. Допустимий тип файлу: gff.
-ао, --анно-вихід Фото
Ім’я вихідного файлу для анно-виводу, який містить анотації, подібні до GFF
вхідні дані, а також кількість відображених читань і нормалізований вираз
рівні в РПКМ. Допустимий тип файлу: gff.
-до, -- кортежний вихід Фото
Ім'я вихідного файлу для кортежу-виводу, який містить кортежи екзонів, з'єднані за допомогою зчитування або
пари подружжя. Допустимий тип файлу: gff.
-фо, --з'єднання-вихід STR
Ім’я вихідного файлу для fusion-output, який містить екзонний кортеж злиття генів
(Розширений параметр, наразі немає вихідного порту для KNIME). Один з gff.
-n, --кілька INT
ntuple За замовчуванням: 2.
-o, --інтервал зміщення INT
Зміщення до коротких інтервалів вирівнювання для пошуку. За замовчуванням: 5.
-t, --порогові розриви INT
Поріг для дозволених розривів у вирівнюванні (не інтрони). За замовчуванням: 5.
-c, --порогове значення INT
Поріг для хв. кількість кортежів для виведення. За замовчуванням: 1.
-r, --поріг-rpkm ПОДВІЙНИЙ
Поріг для хв. RPKM кортежу для виведення. За замовчуванням: 0.0.
-m, --max-кортеж
Створюйте тільки maxTuple (які охоплюються всім прочитаним).
-e, --exact-ntuple
Створіть тільки кортеж точної довжини n. За замовчуванням усі кортежи до заданої довжини
обчислюються (якщо -m встановлено, -e буде проігноровано).
-u, --невідома орієнтація
Орієнтація читання невідома.
ПРИКЛАДИ
комаха
example/alignments.sam example/annotations.gff
Запустіть INSEGT на прикладах файлів із параметрами за замовчуванням.
комаха -m example/alignments.sam example/annotations.gff
Запустіть INSEGT у файлах-прикладах і обчисліть лише maxTuple.
комаха -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
Запустіть INSEGT для файлів-прикладів і виведіть лише кортеж із мін. рахунок 2.
Версія
insegt версія: 1.0 Останнє оновлення 2012-09-11
Використовуйте insegt онлайн за допомогою служб onworks.net
