англійськафранцузькийіспанська

Запуск серверів | Ubuntu > | Fedora > |


Значок OnWorks

insegt - онлайн в хмарі

Запустіть insegt у постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

Це команда insegt, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

ПРОГРАМА:

ІМ'Я


insegt - Послідовність даних другого покоління, що перетинаються, з анотацією

СИНТАКСИС

вставити [ОПЦІЇ]

ОПИС

INSEGT — це інструмент для аналізу вирівнювань зчитування RNA-Seq (одного або парного кінця)
за допомогою генних анотацій.

Вхідні дані для INSEGT – це файл SAM, що містить вирівнювання, і файл, що містить
анотації еталонного геному у форматі GFF або GTF.

-h, --допомога

Відображає це повідомлення довідки.

-- версія

Показати інформацію про версію

Параметри: :

-ро, --читання-виведення Фото

Вивести ім’я файлу для читання-виведення, яке містить зіставлені анотації, за якими слідує
їх батьківську анотацію. Допустимий тип файлу: gff.

-ао, --анно-вихід Фото

Ім’я вихідного файлу для анно-виводу, який містить анотації, подібні до GFF
вхідні дані, а також кількість відображених читань і нормалізований вираз
рівні в РПКМ. Допустимий тип файлу: gff.

-до, -- кортежний вихід Фото

Ім'я вихідного файлу для кортежу-виводу, який містить кортежи екзонів, з'єднані за допомогою зчитування або
пари подружжя. Допустимий тип файлу: gff.

-фо, --з'єднання-вихід STR

Ім’я вихідного файлу для fusion-output, який містить екзонний кортеж злиття генів
(Розширений параметр, наразі немає вихідного порту для KNIME). Один з gff.

-n, --ntuple INT

ntuple За замовчуванням: 2.

-o, --інтервал зміщення INT

Зміщення до коротких інтервалів вирівнювання для пошуку. За замовчуванням: 5.

-t, --порогові розриви INT

Поріг для дозволених розривів у вирівнюванні (не інтрони). За замовчуванням: 5.

-c, --порогове значення INT

Поріг для хв. кількість кортежів для виведення. За замовчуванням: 1.

-r, --поріг-rpkm ПОДВІЙНИЙ

Поріг для хв. RPKM кортежу для виведення. За замовчуванням: 0.0.

-m, --max-tuple

Створюйте тільки maxTuple (які охоплюються всім прочитаним).

-e, --exact-ntuple

Створіть тільки кортеж точної довжини n. За замовчуванням усі кортежи до заданої довжини
обчислюються (якщо -m встановлено, -e буде проігноровано).

-u, --невідома орієнтація

Орієнтація читання невідома.

ПРИКЛАДИ

insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff

Запустіть INSEGT на прикладах файлів із параметрами за замовчуванням.

insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff

Запустіть INSEGT у файлах-прикладах і обчисліть лише maxTuple.

insegt -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff

Запустіть INSEGT для файлів-прикладів і виведіть лише кортеж із мін. рахунок 2.

Версія

insegt версія: 1.0 Останнє оновлення 2012-09-11

Використовуйте insegt онлайн за допомогою служб onworks.net


Ad


Ad