Це команда ipig, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
ipig - Інтеграція PSM у візуалізації браузера Genome
СИНТАКСИС
ipig <psm файл> |-g|-c|-cg [ ]
ОПИС
iPiG націлений на інтеграцію збігів пептидного спектру (PSM) з мас-спектрометрії
(MS) ідентифікації пептидів у візуалізації генома, надані браузером геному, наприклад
як браузер геному UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG приймає PSM із стандартного формату MS mzIdentML (*.mzid) або у текстовому форматі та
надає результати у форматах відстеження геному (файли BED і GFF3), які можна легко зробити
імпортовані в браузери геному.
ВАРІАНТИ
<psm файл>
вказує файл із збігами пептидного спектру (mzid/txt)
-g, - gui
запускає графічний інтерфейс користувача iPiG
-c, -КОНТРОЛЬ
запускає контроль генів, необхідні файли мають бути вказані в конфігурації
файл
-cg, -контроль
запускає графічний інтерфейс користувача генного контролю
-d, - завантажувач
запускає графічний інтерфейс завантаження
можна вказати інший файл конфігурації (інакше ipig.conf завантажується файлом
за замовчуванням)
додаткові вимоги:
використовуючи режим без графічного інтерфейсу, файл конфігурації (ipig.conf за замовчуванням) повинен містити кілька
додаткові параметри, наприклад, вказівка еталонного геному тощо.
в режимі графічного інтерфейсу (-g та -cg), додаткові параметри можна вказати двома способами, в межах
інтерфейсу або за допомогою файлу конфігурації.
перегляньте файли readme.txt та ipig.conf, щоб отримати приклади та докладнішу інформацію про файл
додаткові параметри
Використовуйте ipig онлайн за допомогою служб onworks.net
