Це команда kmer-mask, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
kmer-mask - маска та фільтруючий набір нуклеотидних послідовностей за вмістом kmer
СИНТАКСИС
кмер-маска {-Роман|- підтверджено} [-mdb mer-база даних] [-РС mer-size] [-edb існує-база даних] [-m
мінімальний розмір] [-e розширений розмір] [-низький поріг l] [- верхній поріг h] [-t теми] [-v] [-h
гістограма] [- сприяти|- знизити в посаді|- відкинути] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o вихідний префікс
ОПИС
Маскувати та фільтрувати набір послідовностей (імовірно, що зчитуються) за вмістом kmer. Маскування може бути
зроблено для збереження нової послідовності, якої немає в базі даних, або для збереження наявної підтвердженої послідовності
в базі даних. Фільтрація дозволить відокремити послідовності повністю, частково чи не замасковані.
ВАРІАНТИ
-mdb mer-база даних
навантаження маскування кмери з Меріл(1) mer-база даних
-РС mer-size
-edb існує-база даних
зберегти маскування kmers до an існує БД(1) файл існує-база даних для швидшого перезавантаження
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
input читає файли у форматі fastq, fastq.gz, fastq.bz2 або fastq.xz. Другий є
необов'язковий, але спотворює вихідну класифікацію, якщо її немає.
-o з
префікс для вихідних читань
з.повністю замаскований.[12].швидкий
читання зі збереженими нижче «низькопороговими».
з.частково замаскований.[12].fastq
читається між ними
з.зберігається.[12].fastq
читання зі збереженими базами більше ніж «високі межі».
з.відкинутий.[12].fastq
читає з конфліктним статусом
-m мінімальний розмір
ігнорувати звернення до бази даних нижче цієї кількості послідовних кілометрів (0)
-e розширений розмір
розширити звернення до бази даних для багатьох зниклих кілометрів (0)
-Роман RETAIN нова послідовність відсутня в базі даних
- підтверджено
ЗБЕРЕГТИ підтверджену послідовність, наявну в базі даних
- сприяти
підвищити читання менше ЗБЕРЕЖЕНО до статусу читання більше ЗБЕРЕЖЕНО
read1=повністю замаскований і read2=частково замаскований -> обидва частково замасковані
- знизити в посаді
понизити читання з більшою кількістю ЗБЕРЕЖЕНО до статусу меншого читання
read1=повністю замаскований і read2=частково замаскований -> обидва повністю замасковані
- відкинути
відкидати пари з конфліктним статусом (ЗА УМОВЧАННЯМ) read1=повністю замаскований і
read2=частково замасковано -> обидва відхиляються
статистика on stderr, номер of послідовності з кількість ЗБЕРЕЖЕНО:
-низький поріг t
(0.3333)
- верхній поріг t
(0.6667)
-h гістограма
написати гістограму кількості ЗБЕРЕЖЕНОЇ послідовності
-t t використання t обчислювальні потоки
-v показати прогрес
Використовуйте kmer-mask онлайн за допомогою служб onworks.net
