Це команда load_genbankp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
load_genbank.pl - Завантажте базу даних Bio::DB::GFF з файлів GENBANK.
СИНТАКСИС
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
ПРИМІТКА: Сценарій bp_genbank2gff.pl у дистрибутиві BioPerl такий самий, як і цей сценарій.
ОПИС
Цей скрипт завантажує базу даних Bio::DB::GFF з функціями, що містяться в локальному файлі
файл genbank або приєднання, отримане з genbank. Різні параметри командного рядка
дозволяють контролювати, яку базу даних завантажувати та чи дозволяти існуючу базу даних
бути перезаписаним.
Наразі цей сценарій використовує лише MySQL, хоча він є доказом принципу і може легко
бути розширений для роботи з іншими RDMS, які підтримуються GFF через адаптери.
КОМАНДНИЙ РЯДОК ВАРІАНТИ
Параметри командного рядка можна скоротити до параметрів з однієї літери. наприклад -d замість
--база даних.
--create Примусове створення та ініціалізація бази даних
--dsn Джерело даних (за замовчуванням dbi:mysql:test)
--користувач Ім'я користувача для аутентифікації mysql
--пас Пароль для аутентифікації mysql
--проксі Проксі-сервер для віддаленого доступу
--file Аргументи, що наводяться далі, є іменами файлів Genbank/EMBL (за замовчуванням)
--accession Аргументи, що наводяться нижче, є номерами приєднання genbank
--stdout Запис конвертованого файлу GFF у stdout замість завантаження
Використовуйте load_genbankp онлайн за допомогою служб onworks.net