locuspocus - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

locuspocus - обчислити координати локуса для даної анотації гена

СИНТАКСИС

локуспокус [опції] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

ОПИС

Основні параметри:

-d|--налагодження
друкувати докладні повідомлення про налагодження на термінал (стандартна помилка)

-h|--допомога
роздрукувати це повідомлення довідки та вийти

-v|--версія
роздрукувати номер версії та вийти

Розбір iLocus:

-l|--дельта: INT
під час аналізу інтервальних локусів використовуйте наступну дельту, щоб розширити локус генів і включити
потенційні регуляторні регіони; за замовчуванням 500

-s|--пропускає
під час перерахування інтервальних локусів виключити неанотовані (і, ймовірно, неповні)
iLoci на обох кінцях послідовності

-e|--кінець
повідомляють лише про неповні фрагменти iLocus на неанотованих кінцях послідовностей
(доповнення до --скиди)

-y|--скіпійлоці
не повідомляйте про міжгенні iLoci

Варіанти уточнення:

-r|--уточнення
за замовчуванням гени групуються в одному iLocus, якщо вони перекриваються; 'уточнення'
режим дозволяє більш тонко обробляти перекриваються гени

-c|--диски
використовувати CDS, а не UTR для визначення перекриття генів; передбачає режим «уточнення».

-m|--міноперекриття: INT
мінімальна кількість нуклеотидів, щоб два гени були згруповані в один і той же
iLocus; за замовчуванням 1

Варіанти виводу:

-n|--namefmt: STR
надайте рядок формату в стилі printf, щоб замінити формат ідентифікатора за замовчуванням для newly
створені локуси; за замовчуванням — «locus%lu» (locus1, locus2 тощо) для локусів і «iLocus%lu»
(iLocus1, iLocus2 тощо) для інтервальних локусів; зауважте, що рядок форматування має містити a
один специфікатор %lu, який потрібно заповнити довгим цілим значенням без знака

-i|--ilens: ФАЙЛ
створити файл із довжиною кожного міжгенного iLocus

-g|--карта генів: ФАЙЛ
надрукувати відображення від кожної анотації гена до відповідного локусу даного
файл

-o|--вихідний файл: ФАЙЛ
ім'я файлу, в який будуть записані результати; за замовчуванням термінал (стандарт
вихід)

-T|--ретаніди
зберігати оригінальні ідентифікатори функцій із вхідних файлів; конфлікти виникнуть у разі введення
містить повторювані значення ідентифікатора

-t|--трансформація: ФАЙЛ
надрукувати зіставлення з кожної анотації транскрипту до відповідного місця розташування до
даний файл

-V|--дослівно
включити всі підфункції локуса (гени, РНК тощо) у вихідні дані GFF3; за замовчуванням
включає лише ознаки локуса

Параметри введення:

-f|--фільтр: TYPE
розділений комами список типів об’єктів для використання при побудові loci/iLoci; за замовчуванням є
"ген"

-p|--батька: CT:PT
якщо функція типу $CT існує без батьківського елемента, створіть батьківський елемент для цієї функції
з типом $PT; наприклад, mRNA:gene створить властивість гена як батьківську для
будь-яка функція мРНК верхнього рівня; цю опцію можна вказати кілька разів

-u|--псевдо
виправити помилково мічені псевдогени

Використовуйте locuspocus онлайн за допомогою служб onworks.net