Це команда masai_mapper, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
masai_mapper - Картограф масаї
СИНТАКСИС
masai_mapper [ПАРАЦІЇ]
ОПИС
Masai — це швидкий і точний картограф для читання, заснований на приблизних і множинних насіннях
повернення назад.
Читати http://www.seqan.de/projects/masai для отримання додаткової інформації.
(c) Авторські права 2011-2012, Енріко Сірагуса.
-h, --допомога
Відображає це повідомлення довідки.
-- версія
Показати інформацію про версію
Параметри відображення:
-мм, --mapping-mode STR
Виберіть режим відображення. Один з усіх, найкращий і будь-який. За замовчуванням: будь-який найкращий.
-мб, --mapping-block NUM
Максимальна кількість читань для одночасного відображення. У діапазоні [10000..inf]. За замовчуванням:
2147483647.
-e, -- помилки NUM
Максимальна кількість помилок на читання. У діапазоні [0..32]. За замовчуванням: 5.
-сл, -- довжина насіння NUM
Мінімальна довжина насіння. В діапазоні [10..100]. За замовчуванням: 33.
-нг, --без пропусків
Не вирівнюйте читання з пробілами.
Параметри індексу геному:
-x, --індекс STR
Виберіть тип індексу геному. Один із esa, sa, qgram і fm. За замовчуванням: sa.
-xp, --індекс-префікс STR
Вкажіть назву префікса індексу геному. За замовчуванням: використовуйте префікс імені файлу геному.
Параметри виведення:
-o, -- вихідний файл Фото
Вкажіть вихідний файл. За замовчуванням: використовуйте префікс назви файлу reads. Допустимі типи файлів
є: raw і sam.
-nc, --без сигари
Не виводити рядок CIGAR. Це впливає лише на вихід SAM.
Параметри налагодження:
-nv, --не перевіряти
Не перевіряйте попадання насіння.
-й, --без свалки
Не скидайте результати.
-нм, --не-кілька
Вимкніть багаторазове повернення назад.
Версія
masai_mapper версія: 0.7.1 [14053] Останнє оновлення 2013-05-16
Використовуйте masai_mapper онлайн за допомогою служб onworks.net
