Ukranianфранцузькийнімецькийіталійськийпортугальськаросійськаіспанська

Значок OnWorks

masai_mapper - онлайн у хмарі

Запустіть masai_mapper у постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

Це команда masai_mapper, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS

ПРОГРАМА:

ІМ'Я


masai_mapper - Картограф масаї

СИНТАКСИС

masai_mapper [ПАРАЦІЇ]

ОПИС

Masai — це швидкий і точний картограф для читання, заснований на приблизних і множинних насіннях
повернення назад.

Побачити http://www.seqan.de/projects/masai для отримання додаткової інформації.

(c) Авторські права 2011-2012, Енріко Сірагуса.

-h, --допомога

Відображає це повідомлення довідки.

-- версія

Показати інформацію про версію

Параметри відображення:

-мм, --mapping-mode STR

Виберіть режим відображення. Один з усіх, найкращий і будь-який. За замовчуванням: будь-який найкращий.

-mb, --mapping-block NUM

Максимальна кількість читань для одночасного відображення. У діапазоні [10000..inf]. За замовчуванням:
2147483647.

-e, -- помилки NUM

Максимальна кількість помилок на читання. У діапазоні [0..32]. За замовчуванням: 5.

-сл, -- довжина насіння NUM

Мінімальна довжина насіння. В діапазоні [10..100]. За замовчуванням: 33.

-ng, --без пропусків

Не вирівнюйте читання з пробілами.

Параметри індексу геному:

-x, --індекс STR

Виберіть тип індексу геному. Один із esa, sa, qgram і fm. За замовчуванням: sa.

-xp, --індекс-префікс STR

Вкажіть назву префікса індексу геному. За замовчуванням: використовуйте префікс імені файлу геному.

Параметри виведення:

-o, -- вихідний файл Фото

Вкажіть вихідний файл. За замовчуванням: використовуйте префікс назви файлу reads. Допустимі типи файлів
є: raw і sam.

-nc, --без сигари

Не виводити рядок CIGAR. Це впливає лише на вихід SAM.

Параметри налагодження:

-nv, --не перевіряти

Не перевіряйте попадання насіння.

-nd, --без свалки

Не скидайте результати.

-нм, --не-кілька

Вимкніть багаторазове повернення назад.

Версія

masai_mapper версія: 0.7.1 [14053] Останнє оновлення 2013-05-16

Використовуйте masai_mapper онлайн за допомогою служб onworks.net


Ad


Ad

Найновіші онлайн-програми для Linux і Windows