Це команда matchere, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
matcher - локальне вирівнювання двох послідовностей Waterman-Eggert
СИНТАКСИС
матч -послідовність послідовність - послідовність послідовність [-файл даних матриця] [-альтернативи ціле]
[-гапопен ціле] [- gapeextend ціле] - вихідний файл вирівнювати
матч -допомога
ОПИС
матч — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Він є частиною командної групи (груп) «Вирівнювання: локальне».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
-послідовність послідовність
- послідовність послідовність
-файл даних матриця
Це файл матриці оцінки, який використовується під час порівняння послідовностей. За замовчуванням це
файл «EBLOSUM62» (для білків) або файл «EDNAFULL» (для нуклеїнових послідовностей). Ці
файли знаходяться в каталозі 'data' інсталяції EMBOSS.
Додатковий розділ
-альтернативи ціле
Це встановлює кількість вихідних альтернативних збігів. За замовчуванням тільки найвищий
показано вирівнювання оцінок. Значення 2 дає вам інші розумні вирівнювання. в
деякі випадки, наприклад, багатодоменні білки кДНК та порівняння геномної ДНК,
можуть бути інші цікаві та значущі вирівнювання. Значення за замовчуванням: 1
-гапопен ціле
Штраф за розрив - це рахунок, який знімається при створенні розриву. Найкраще значення залежить
про вибір матриці порівняння. Значення за замовчуванням 14 передбачає, що ви використовуєте
Матриця EBLOSUM62 для білкових послідовностей або значення 16 і матриця EDNAFULL для
нуклеотидні послідовності. Значення за замовчуванням: @($(acdprotein)? 14 : 16)
- gapeextend ціле
Штраф за довжину розриву або розширення проміжку додається до стандартного штрафу за розрив
кожна основа або залишок у проміжку. Так штрафуються за тривалі розриви. Зазвичай так і будеш
очікуйте декілька довгих проміжків, а не багато коротких проміжків, тому штраф за збільшення проміжку
має бути нижчим, ніж штраф за розрив. Виняток становить одна або обидві послідовності
одиночне читання з можливими помилками послідовності, і в цьому випадку ви очікуєте багато помилок
поодинокі базові зазори. Ви можете отримати цей результат, встановивши штраф за розрив на нуль (або дуже
низький) і використання штрафу за збільшення розриву для контролю оцінки розриву. Значення за замовчуванням:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
Вихід розділ
- вихідний файл вирівнювати
Використовуйте matchere онлайн за допомогою служб onworks.net
