mauveAligner - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mauveAligner - ефективно конструює кілька вирівнювань геномів

СИНТАКСИС

mauveAligner [параметри] ...
ім'я файлу>

ОПИС

Алгоритми вирівнювання mauveAligner і progressiveMauve були реалізовані як
програми командного рядка, що входять до завантажуваного програмного забезпечення Mauve. Коли бігти з
командного рядка ці програми надають параметри, які ще не доступні в графічному інтерфейсі.

ВАРІАНТИ

--вихід=Ім'я вихідного файлу.
Друкує на екран за замовчуванням

--мам Знайдіть лише MUM, не намагайтеся визначити локально колінеарні блоки (LCB)

--без рекурсії Не виконуйте рекурсивну ідентифікацію якоря (мається на увазі
--no-gapped-alignment)

--no-lcb-розширення Визначаючи LCB, не намагайтеся розширити LCB

--seed-size=Розмір початкового збігу, за умовчанням – log_2 (середня довжина послідовності)

--max-extension-iterations=Обмежте розширення LCB цією кількістю спроб,
за замовчуванням 4

--усунути включення Усуньте пов’язані включення в збігах підмножини.

--вага=Мінімальна вага LCB в парах основ на послідовність

--match-input=Використовуйте вказаний файл відповідності замість пошуку збігів

--lcb-match-input Вказує, що вхідний файл відповідності містить збіги, які були
згруповані в LCB

--lcb-вхід=Використовуйте вказаний файл lcb замість побудови LCB (пропускає LCB
Покоління)

--scratch-path=Для великих геномів використовуйте каталог для зберігання тимчасових даних.
Потрібно дати два або більше разів з різними шляхами.

--id-matrix=Згенеруйте статистику LCB та запишіть їх у вказаний файл

--розмір острова=Знайдіть острови, більші за вказане число

--острів-вихід=Вихідні острови даного файлу (потрібно --розмір острова)

--backbone-size=Знайдіть ділянки хребта, довші за задану кількість бод

--max-backbone-gap=Дозвольте переривати хребет проміжками до цієї довжини
bp

--backbone-output=Вихідні острови даного файлу (потрібно --розмір острова)

--coverage-output=Вивести список покриття у вказаний файл (- для стандартного виведення)

--повторюється Генерує карту повторення. Можна вказати лише одну послідовність

--output-guide-tree=Напишіть дерево довідників до призначеного файлу

--колінеарний Припустимо, що вхідні послідовності є колінеарними – вони не мають перебудов

Розрив вирівнювання елементи управління:
--no-gapped-alignment Не виконуйте вирівнювання з зазорами

--max-gapped-aligner-length=Максимальна кількість пар основ для спроби вирівняння
розривний елайнер

--min-recursive-gap-length=Мінімальний розмір пропусків, які Mauve буде виконувати рекурсивно
Прив’язка MUM увімкнено (за умовчанням – 200)

Підписаний перестановка матриця опції:
--permutation-matrix-output=Запишіть LCB як матрицю перестановок зі знаком
даний файл

--permutation-matrix-min-weight=Для кожного буде записана матриця перестановок
набір LCB з вагою між цим значенням і значенням --вага

Вирівнювання вихід опції:
--alignment-output-dir=Виводить набір файлів вирівнювання (по одному на LCB) у a
даний каталог

--alignment-output-format=Вибирає вихідний формат для --alignment-output-dir

--output-alignment=Запишіть вирівнювання у форматі XMFA для призначеного файлу

Підтримувані вихідні формати вирівнювання: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Використовуйте mauveAligner онлайн за допомогою служб onworks.net