Це команда mcmc_analysis, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
mcmc_analysis - Аналіз MCMC
СИНТАКСИС
mcmc_analysis [ВАРІАНТИ] MCMC-дані ...
ОПИС
Ця програма зчитує вихідні дані MCMC з одного чи кількох файлів із програм у BEEP
пакет. Важливо, щоб у кожному вхідному файлі були однакові стовпці.
Формат введення:
Вихідні дані з ітерацій MCMC у форматі
де
є логарифмом імовірності у форматі float
є пробіл табуляції, що розділяє поля
є цілим числом для порядкового рядка ітерації
являє собою список полів, розділених крапкою з комою, що містить
параметри MCMC.
Параметри MCMC вводяться та дають імена в першому рядку у файлі,
який є у форматі
# л Н [ ( )]+
Назви мають бути унікальними, але не обов’язково. The є один
of
плавати
logfloat
ціле
дерево
ортологічні пари
і використовується для висновку, як розібрати та проаналізувати решту рядків.
Вихідний формат:
Звіт про виконання MCMC з попередніми оцінками параметрів.
ВАРІАНТИ
-b [FLOAT|INT]
Відсоток (0 <= x <1) або кількість (x ціле >= 1) вхідних даних, які потрібно
викидається як горіння. За замовчуванням: 0.1.
-p STRING
Побудуйте графік іменованого параметра . Вихідними є два стовпці, номер ітерації і
значення параметра в ітерації.
-i STRING
Ігноруйте названий параметр. Назви стовпців див. у рядку заголовка у виводі MCMC. ти
може називати кілька стовпців одночасно, використовуючи формат, розділений комами (наприклад, -i
Довжина, ім'я). Між іменами стовпців не допускаються пробіли.
-t Вивести LaTex для аналізу.
-l Підрахуйте та повідомте кількість зразків у вхідному файлі.
- mp NT Максимальна кількість балів для графіка.
-сп Чітко вказуйте точки на графіках.
- кода Вихідний файл для пакета CODA в R
-кодові дерева
Те саме, що і -coda, але включає параметри дерева. Кожне дерево виводиться у вигляді цілого ідентифікатора
(порядок відвідування по ланцюжку, 1,2,...). Обов'язково використовуйте -i, щоб приховати будь-які дерева
що містить довжини/часи/ставки.
-P Паралельні ланцюги. Це означає, що перераховано кілька файлів (паралельних) зразків.
URL
Домашня сторінка Prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Використовуйте mcmc_analysis онлайн за допомогою служб onworks.net
