mia-3ddistance-stats - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mia-3ddistance-stats — Оцініть статистику відстані для двох зображень із мітками.

СИНТАКСИС

mia-3distance-stats -i -r -o [параметри]

ОПИС

mia-3distance-stats Ця програма використовується для оцінки відстані між ними однаково
позначені області на двох зображеннях. Вихідним файлом є файл csv, що містить відстані для
кожна позначена координата на тестовому зображенні в такому вигляді:

мітка,n-вибірки,відстань,відстань,...

Проста програма R для отримання статистичних даних за міткою з цих даних виглядала б так

args <- commandArgs(TRUE)
дані <- read.csv(args[1], header=FALSE)
for ( i in 1:dim(data)[1] ) {
рядок <- дані[i,]
мітка <- as.integer(рядок[1])
end_range <- 2 + as.numeric(line[2])
s <- as.numeric(рядок[3:кінцевий_діапазон])
результат <- sprintf("%d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f0
мітка, середнє(я), sqrt(вар(и)), медіана(и), макс(и))
кіт (результат)
}

ВАРІАНТИ

Файл-IO
-i --in-labels=(вхід, обов'язковий); io
зображення вхідної мітки. Щоб дізнатися про підтримувані типи файлів, див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

-r --ref-labels=(вхід, обов'язковий); io
Довідкова етикетка зображення Для підтримуваних типів файлів див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

-l --label-map=(вхід); рядок
необов'язкове відображення номерів етикеток

-o --out-file=(вихід, обов'язковий); рядок
ім'я вихідного файлу для запису відстані. Вихідним файлом є файл csv,
що містить відстані, зазначені для кожної етикетки.

Документи & інформація
-V --verbose=попередження
детальність виводу, друк повідомлень заданого рівня та вищих пріоритетів.
Підтримувані пріоритети, починаючи з найнижчого рівня:
інформація - Повідомлення низького рівня
простежувати ‐ Трасування виклику функції
невдача - Повідомляйте про помилки тестування
попередження - Попередження
помилка - Повідомити про помилки
відлагоджувати ‐ Вихід налагодження
повідомлення - Звичайні повідомлення
фатальний - Повідомляйте лише про фатальні помилки

-- авторське право
роздрукувати інформацію про авторські права

-h --допомога
роздрукувати цю довідку

-? --використання
надрукувати коротку довідку

-- версія
надрукувати номер версії та вийти

Обробка
--threads=-1
Максимальна кількість потоків для обробки, це число має бути меншим
або дорівнює кількості ядер логічного процесора в машині. (-1:
автоматична оцінка).Максимальна кількість потоків для обробки,Це
число має бути меншим або дорівнювати кількості ядер логічного процесора в
машина. (-1: автоматична оцінка).

ПЛАГІНИ: 3dimage/io

аналізувати Проаналізуйте зображення 7.5

Розпізнані розширення файлів: .HDR, .hdr

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт, зі знаком 32 біт, з плаваючою комою 32 біт,
з плаваючою комою 64 біт

пул даних Віртуальний IO до та з внутрішнього пулу даних

Розпізнані розширення файлів: .@

dicom Серія зображень Dicom у вигляді 3D

Розпізнані розширення файлів: .DCM, .dcm

Підтримувані типи елементів:
зі знаком 16 біт, без знаку 16 біт

hdf5 HDF5 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .H5, .h5

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32-розрядний зі знаком, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, плаваючий
точка 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

інрія Зображення INRIA

Розпізнані розширення файлів: .INR, .inr

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

mhd MetaIO 3D image IO з використанням реалізації VTK (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

nifti NIFTI-1 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .NII, .nii

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, з плаваючою комою 32
біт, з плаваючою комою 64 біт

vff VFF Sun растровий формат

Розпізнані розширення файлів: .VFF, .vff

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт

перспектива 3D-перегляд

Розпізнані розширення файлів: .V, .VISTA, .v, .vista

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

vti Вхід і вихід 3D-зображення VTK-XML (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTI, .vti

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

vtk 3D VTK зображення застарілих вхід і вихід (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

приклад

Оцініть відстані для кожної мітки, доступної в image.v, до відповідних міток в
посилання на зображення.v ans зберігає результат у вигляді списку значень, розділених комами, тобто
distances.csv.

mia-3ddistance-stats -i image.v -r reference.v -o distances.csv

АВТОР(и)

Герт Волний

АВТОРСЬКЕ

Авторське право на це програмне забезпечення (c) 1999-2015, Лейпциг, Німеччина та Мадрид, Іспанія. Воно приходить
без АБСОЛЮТНО НІ ГАРАНТІЙ, і ви можете розповсюджувати його відповідно до умов GNU
ЗАГАЛЬНА ПУБЛІЧНА ЛІЦЕНЗІЯ Версія 3 (або новіша). Для отримання додаткової інформації запустіть програму за допомогою
параметр '--copyright'.

Використовуйте mia-3ddistance-stats онлайн за допомогою служб onworks.net