mia-3dmotioncompica-nonrigid - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Нелінійна реєстрація серії 3D-зображень.

СИНТАКСИС

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i -o [параметри]

ОПИС

mia-3dmotioncompica-nonrigid Ця програма реалізує 3D-версію руху
алгоритм компенсації, описаний у Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Автоматична компенсація руху вільного дихання отримані дані про перфузію міокарда
використання незалежного компонентного аналізу", медичний аналіз зображення, 2012 р.,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.

ВАРІАНТИ

Файл-IO
-i --in-file=(вхід, обов'язковий); io
вхідні зображення послідовно пронумерованих файлів (nameXXXX.ext) Для підтримується
типи файлів див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

-o --out-file=(вихід, обов'язковий); io
ім'я вихідного зображення (як рядок формату C, включаючи %04d для визначення
нумерацію файлів) Щоб дізнатися про підтримувані типи файлів, див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

--save-refs=
зберегти опорні зображення, даний рядок використовується як база імені файлу, the
числовий шаблон слідує за вхідними зображеннями, а вихідний формат завжди
'vista'

--save-regs=
зберігати проміжні зареєстровані зображення, даний рядок використовується як ім'я файлу
базовий, числовий шаблон слідує за вхідними зображеннями, а вихідний формат є
завжди 'vista'

--save-coeffs=
зберегти матрицю змішування в текстовий файл

--save-features=
зберігати основні зображення у форматі PNG

Документи & інформація
-V --verbose=попередження
детальність виводу, друк повідомлень заданого рівня та вищих пріоритетів.
Підтримувані пріоритети, починаючи з найнижчого рівня:
інформація - Повідомлення низького рівня
простежувати ‐ Трасування виклику функції
невдача - Повідомляйте про помилки тестування
попередження - Попередження
помилка - Повідомити про помилки
відлагоджувати ‐ Вихід налагодження
повідомлення - Звичайні повідомлення
фатальний - Повідомляйте лише про фатальні помилки

-- авторське право
роздрукувати інформацію про авторські права

-h --допомога
роздрукувати цю довідку

-? --використання
надрукувати коротку довідку

-- версія
надрукувати номер версії та вийти

ICA
-C --components=0
Компоненти ICA 0 = автоматична оцінка Компоненти ICA 0 = автоматична
оцінка

--не нормалізувати
не нормалізовані мікросхеми

--без смужки
не знімайте середнє з кривих змішування

-k --пропуск=0
пропускати зображення на початку серії, наприклад, тому що вони інші
modalitiesпропускати зображення на початку серії, наприклад, тому що як вони
мають інші модальності

-m --max-ica-iter=400
максимальна кількість ітерацій в ICAМаксимальна кількість ітерацій в ICA

Обробка
--threads=-1
Максимальна кількість потоків для обробки, це число має бути меншим
або дорівнює кількості ядер логічного процесора в машині. (-1:
автоматична оцінка).Максимальна кількість потоків для обробки,Це
число має бути меншим або дорівнювати кількості ядер логічного процесора в
машина. (-1: автоматична оцінка).

Реєстрація
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Для мінімізації використовується оптимізатор

-a --start-c-rate=32
початковий коефіцієнт коефіцієнта в шипах, ділиться на --c-rate-divider with
коефіцієнт коефіцієнта проходження в шипах ділиться на --c-rate-divider
з кожним проходом

--c-rate-divider=4
коефіцієнт дільника ставки для кожного проходу. коефіцієнт подільника ставки для кожного проходу

-d --start-divcurl=20
вага початку divcurl, ділиться на --divcurl-divider з кожним запуском проходу
вага divcurl, ділиться на --divcurl-divider з кожним проходом

--divcurl-divider=4
масштабування ваги divcurl з кожним новим passdivcurl масштабування ваги з кожним
новий прохід

-w --imagecost=зображення:вага=1,вартість=ssd,
вартість зображення

-l --mg-levels=3
Рівні з багатьма роздільною здатністю Рівні з багатьма роздільною здатністю

-P --проходить=3
реєстраційні перепустки реєстраційні перепустки

ПЛАГІНИ: 3dimage/io

аналізувати Проаналізуйте зображення 7.5

Розпізнані розширення файлів: .HDR, .hdr

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт, зі знаком 32 біт, з плаваючою комою 32 біт,
з плаваючою комою 64 біт

пул даних Віртуальний IO до та з внутрішнього пулу даних

Розпізнані розширення файлів: .@

dicom Серія зображень Dicom у вигляді 3D

Розпізнані розширення файлів: .DCM, .dcm

Підтримувані типи елементів:
зі знаком 16 біт, без знаку 16 біт

hdf5 HDF5 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .H5, .h5

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32-розрядний зі знаком, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, плаваючий
точка 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

інрія Зображення INRIA

Розпізнані розширення файлів: .INR, .inr

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

mhd MetaIO 3D image IO з використанням реалізації VTK (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

nifti NIFTI-1 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .NII, .nii

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, з плаваючою комою 32
біт, з плаваючою комою 64 біт

vff VFF Sun растровий формат

Розпізнані розширення файлів: .VFF, .vff

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт

перспектива 3D-перегляд

Розпізнані розширення файлів: .V, .VISTA, .v, .vista

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

vti Вхід і вихід 3D-зображення VTK-XML (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTI, .vti

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

vtk 3D VTK зображення застарілих вхід і вихід (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

приклад

Зареєструйте серію перфузії, наведену на зображеннях XXXX.v, за допомогою ICA 4 класу
оцінка. Пропустіть два зображення на початку, використовуйте не більше 4 потоків реєстрації, nlopt
на основі оптимізатора та в інших випадках використовують параметри за замовчуванням. Зберігайте результат в
зареєстрованоXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o зареєстровано%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

АВТОР(и)

Герт Волний

АВТОРСЬКЕ

Авторське право на це програмне забезпечення (c) 1999-2015, Лейпциг, Німеччина та Мадрид, Іспанія. Воно приходить
без АБСОЛЮТНО НІ ГАРАНТІЙ, і ви можете розповсюджувати його відповідно до умов GNU
ЗАГАЛЬНА ПУБЛІЧНА ЛІЦЕНЗІЯ Версія 3 (або новіша). Для отримання додаткової інформації запустіть програму за допомогою
параметр '--copyright'.

Використовуйте mia-3dmotioncompica-nonrigid онлайн за допомогою служб onworks.net