mkdssp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mkdssp - Розрахувати вторинну структуру для білків у файлі PDB

СИНТАКСИС

mkdssp [ВАРІАНТ] pdb-файл [dsspfile]

ОПИС

Команда mkdssp Програма була спочатку розроблена Вольфгангом Кабшем та Крісом Сандером
стандартизувати призначення вторинної структури. ДССП є базою даних вторинної структури
призначення (і багато іншого) для всіх записів білка в банку даних білка (PDB) і
mkdssp це програма, яка обчислює записи DSSP із записів PDB. Будь ласка, запиши
Що mkdssp робить НЕ передбачати вторинна структура.

ВАРІАНТИ

Якщо ви викликаєте mkdssp лише з одним параметром, він буде інтерпретуватися як файл PDB
процес і вихід будуть відправлені в стандартний вихід. Якщо вказано другий параметр, це так
інтерпретується як ім’я файлу DSSP для створення. Як вхідний, так і вихідний файл
імена можуть мати або .gz, або .bz2 як розширення, що призводить до належного стиснення.

-i, --вхід ім'я файлу
Ім'я файлу a PDB відформатований файл, що містить дані про структуру білка. Це
файл може бути файлом, стиснутим за допомогою gzip або bzip2.

-o, - вихід ім'я файлу
Ім'я файлу a ДССП файл для створення. Якщо ім’я файлу закінчується на .gz або .bz2 a
створюється стиснутий файл.

-v, -багатослівний
Випишіть діагностичну інформацію.

-- версія
Надрукуйте номер версії та вийдіть.

-h, --допомога
Роздрукуйте довідкове повідомлення та вийдіть. Каталог, що містить сценарії аналізатора для
місіс.

ТЕОРІЯ

Програма DSSP працює шляхом розрахунку найімовірнішого заданого призначення вторинної структури
3D структура білка. Це робиться, зчитуючи положення атомів в a
білка (запис ATOM у файлі PDB) з подальшим обчисленням енергії Н-зв’язку
між усіма атомами. Дві найкращі Н-зв’язки для кожного атома потім використовуються для визначення найбільшої кількості
ймовірний клас вторинної структури для кожного залишку в білку.

Це означає, що вам потрібно мати повну та дійсну тривимірну структуру, щоб білок міг бути в змозі
розрахувати вторинну структуру. У DSSP немає магії, тому, наприклад, він не може вгадати
вторинна структура для мутованого білка, для якого у вас немає тривимірної структури.

ДССП Фото ФОРМАТ

Заголовна частина кожного файлу DSSP пояснюється сама, вона містить деяку інформацію
скопійовано з файлу PDB, і є деякі статистичні дані, зібрані під час обчислення
вторинна структура.

Друга половина файлу містить розраховану інформацію про вторинну структуру
залишок. Нижче наведено коротке пояснення для кожного стовпця.

Колонка ІМ'Я Опис
─────────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────────────────────
# Номер залишку, підрахований mkdssp
RESIDUE Номер залишку, зазначений у файлі PDB
потім ідентифікатор ланцюга.

AA Однобуквенний код амінокислоти. Якщо це
літера нижня, це означає, що це a
цистеїну, які утворюють сірчаний міст з
іншу амінокислоту в цій колонці з такою ж
мала літера.
СТРУКТУРА Це складний стовпець, що містить декілька підпорядків
колонки. Перший стовпець містить букву
із зазначенням вторинної структури
цей залишок. Допустимі значення:
код Опис
H Альфа-спіраль
B Бета-міст
E Strand
Г Спіраль-3
I Спіраль-5
T Поверніть
Згин S
Нижче вказано три стовпці
кожен з трьох типів спіралі (3, 4 і 5)
чи є цей залишок кандидатом на формування
ця спіраль. А > символ вказує на початок a
спіраль, число вказує, що воно знаходиться всередині такого
спіраль і а < символ означає, що він закінчує спіраль.
Наступний стовпець містить символ S, якщо це
залишком є ​​можливий вигин.
Потім є стовпець, що вказує на хіральність
і це може бути як позитивним, так і негативним
(тобто альфа-крутіння або позитивне, або
негативний).
Останні два стовпці містять мітки бета-моду.
Нижній регістр тут означає паралельний міст і таким чином
верхній регістр означає антипаралельність.
BP1 і BP2 Перший і другий кандидат пари мостів, це
після нього йде літера, що вказує на аркуш.
ACC Доступність цього залишку, це
площа поверхні, виражена в квадратних ангстремах, що
доступна молекула води.
NH-->O..O-->HN Чотири стовпці, вони дають для кожного залишку
Енергія Н-зв'язку з іншим залишком, де
поточний залишок є або акцептором, або донором.
Кожен стовпець містить два числа, перше
зміщення від поточного залишку до
залишок партнера в цій Н-зв'язку (у DSSP
нумерації), друге число є розрахунковим
енергії для цього Н-зв'язку.
TCO Косинус кута між C=O
поточний залишок і C=O попереднього залишку. Для
альфа-спіралі, TCO близько +1, для бета-листів
TCO близько -1. Не використовується для структури
визначення.
Kappa Віртуальний кут зв'язку (кут згину), визначений за допомогою
три C-альфа-атоми залишкового струму
- 2, струм і струм + 2. Використовується для визначення
згин (код структури 'S').
PHI та PSI IUPAC пептидні кути скручування хребта.
X-CA, Y-CA і Z-CA Координати C-альфа

ІСТОРІЯ

Оригінальний додаток DSSP був написаний Вольфгангом Кабшем і Крісом Сандером на мові Pascal.
Ця версія повністю переписана на C++ на основі вихідного коду. Кілька помилок
з тих пір були виправлені, а алгоритми тут і там були змінені.

ALL

Код вкрай потребує оновлення. Перше, що потрібно впровадити, це
покращене розпізнавання пі-спіралей. Другим покращенням було б використання залежно від кута
Розрахунок енергії Н-зв'язку.

Використовуйте mkdssp онлайн за допомогою сервісів onworks.net