primer3_core - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

primer3_core - Розробляє праймери для ПЛР

СИНТАКСИС

primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ вхідний_файл]

ОПИС

primer3_core вибирає праймери для ПЛР-реакцій, розглядаючи як критерій олігонуклеотид
температура плавлення, розмір, вміст ГХ та можливості праймера-димеру, розмір продукту ПЛР,
позиційні обмеження всередині вихідної послідовності та інші обмеження.

За замовчуванням, primer3_core приймає введення та виробляє вихід у форматі Boulder-io, попередньому XML
текстовий формат введення/виведення для формату обміну даними між програмою. The
Формат Boulder-io та команди, які розуміє primer3_core, описані в
README файл, який у системах Debian можна знайти в /usr/share/doc/primer3/.

ВАРІАНТИ

-format_output
Друкує більш орієнтований на користувача звіт для кожної послідовності.

-строгі_теги
primer3_core відтворює та ігнорує будь-які теги, які він не розпізнає, за винятком випадків
-строгі_теги прапорець встановлюється в командному рядку, і в цьому випадку primer3_core друкує файл
помилка у вихідному тегу PRIMER_ERROR і друкує додаткову інформацію в стандартному виведенні;
ця опція може бути корисною для систем налагодження, які включають праймер.

примітки
Старий прапор -2x_compat більше не підтримується.

EXIT СТАТУС КОДИ

· 0 при нормальному режимі роботи.

· -1 за таких умов: недопустимі аргументи командного рядка, неможливо скинути
stdout, не вдається відкрити (для запису та створення) файл .for, .rev або .int (ймовірно
через проблеми із захистом).

· -2 при нестачі пам'яті.

· -3 пусті вхідні дані.

· Помилка -4 у вхідному тегу "Global" (повідомлення в PRIMER_ERROR).

Посилання

Будь ласка, процитуйте Rozen, S., Skaletsky, H. «Primer3 на WWW для звичайних користувачів та для
біологів-програмістів.» У С. Кравеца та С. Мізенера, ред. Біоінформатичні методи та
Протоколи в серії Methods in Molecular Biology. Humana Press, Тотова, Нью-Джерсі, 2000,
сторінки 365-386.

Використовуйте primer3_core онлайн за допомогою служб onworks.net