Це команда probabel.pl, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
probabel - Обгортка навколо трьох бінарних файлів ProbABEL, що спрощує їх використання
СИНТАКСИС
ймовірно ХРОМ-СТАРТ ХРОМ-СТОП МЕТОД КОГОРТА МОДЕЛЬ PHENOTYPE [ІНШІ_ВАРІАНТИ]
ОПИС
ймовірно це обгортка навколо трьох бінарних файлів ProbABEL: палінійний, палогіст та pacoxph.
Він розроблений, щоб спростити проведення дослідження загальногеномної асоціації (GWAS), зберігаючи
дорогоцінний час користувача двома способами:
1) він виконує регресійний аналіз усіх хромосом із ХРОМ-СТАРТ до ХРОМ-СТОП.
2) На відміну від трьох згаданих вище бінарних файлів, с ймовірно користувачеві не потрібні
щоб вказати розташування необхідних файлів генетичних даних. Їх розташування в центрі
керується у файлі конфігурації (/etc/probabel_config.cfg за замовчуванням).
ВАРІАНТИ
Вимагається команда лінія опції
ХРОМ-СТАРТ
Номер хромосоми, з якої потрібно почати аналіз.
ХРОМ-КІНЕЦЬ
Номер хромосоми, на якій закінчується аналіз.
Зауважте, що аналіз однієї хромосоми можна запустити, вказавши те саме число для
ХРОМ-СТАРТ та ХРОМ-СТОП. Фактично, це спосіб провести аналіз для X або Y
хромосома
МЕТОД Який метод регресії використовувати, може бути одним із лінійний, логістика, or coxph.
КОГОРТА Назва когорти, як визначено в /etc/probabel_config.cfg файл. Використання
ідентифікатор когорти з файлу конфігурації, які знають три фактичних двійкові файли ProbABEL
де знайти файли інформації про генотип (файли доз і/або ймовірності
файли).
МОДЕЛЬ Генетична модель, яка буде використана. Може бути і те, і інше --добавка для адитивної моделі
(потрібні дані генотипу в лікарській формі), або --всі моделі для запуску всіх генетичних моделей:
адитивний, рецесивний, домінантний, наддомінантний і 2df.
PHENOTYPE
Ім'я файлу фенотипу без його розширення (яке має бути .PHE!).
Інше опції
Будь-які варіанти, перераховані після (обов’язкових) попередніх, будуть передані базовому
двійковий: палінійний, палогіст or pacoxph, в залежності від МЕТОД.
Найбільш часто використовуваним варіантом є -o параметр, а потім ім'я файлу, це вказує
початок імені файлу для вихідних файлів.
Додатковий опції
-h, --допомога Отримайте додаткову допомогу щодо запуску ймовірно. У цьому випадку жодного іншого
Варіанти потрібно вказати.
ПРИКЛАДИ
Це запускає сканування асоціацій у всьому геномі, використовуючи лінійну регресію та адитивну генетичну
модель на когорту Моя_велика_когорта для фенотипу мій_фенотип:
ймовірно 1 22 лінійний "My_Large_Cohort" --адитивний мій_фенотип
Використовуйте probabel.pl онлайн за допомогою служб onworks.net
