Це команда sam-stats, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
sam-stats - ea-utils: створювати переварену статистику
СИНТАКСИС
сам-статистика [опції] [file1] [file2...filen]
ОПИС
Версія: 1.38.681
Видає багато легко засвоюваної статистики для перерахованих файлів
Параметри (за замовчуванням у дужках):
-D Слідкуйте за кількома вирівнюваннями -O PREFIX Увімкнення вихідного префікса
розширений вихід (див. нижче) -R FIL Покриття/вихід РНК (покриття, 3' зміщення тощо,
мається на увазі -A) -A Повідомити про всі chr-сиги, навіть якщо їх більше 1000 -b INT
Кількість читань для вибірки для базової статистики (1 млн) -S INT Розмір ascii-сигнатури
(30) -x FIL Розширення файлу для обробки кількох файлів (статистика) -M Only
перезаписати, якщо новіше (потрібно -xабо кілька файлів) -B Введення - бац, не треба
дивитися на магію -z Не підводьте, коли нульові записи в sam
ВИХІД:
Якщо вказано один файл, вихід буде стандартним. Якщо кілька файлів
зазначено, або якщо -x опція надається, вихідний файл є . . За замовчуванням
розширення — «статистика».
Повна статистика:
: середнє, максимальне, стандартне відхилення, медіана, Q1 (25 процентиль), Q3
reads : # записів у файлі sam, може не бути # читань
phred : використовується шкала phred
bsize : # читання, що використовуються для якісної статистики
відображені читання
: кількість вирівняних зчитувань (унікальні послідовності ідентифікатора зонда)
картографовані основи
: загальна довжина вирівняних читань
вперед
: кількість читань, вирівняних вперед
зворотний
: кількість зчитувань зі зворотним вирівнюванням
швидкість snp
: невідповідні бази / загальна кількість баз (частка snv)
ins ставка
: вставні основи / загальна кількість основ
del rate
: видалені бази / загальна кількість баз
pct невідповідність
: відсоток читань, які мають невідповідності
pct вирівняти
: відсоток вирівняних читань
довжина
: читати статистику довжини, ігнорувати, якщо фіксована довжина
mapq
: статистика якості картографування
вставка
: статистика розмірів вставок
% : відсоток відображених баз на хронометраж із підписом
Підвибірка статистика (1 млн читає макс.):
базова квал : статистика для базових якостей %A,%T,%C,%G : базові відсотки
Сенс of на хромосому підпис:
Ascii-гістограма картованого зчитування за положенням хромосоми. Він виводиться, лише якщо
оригінальний SAM/BAM має заголовок. Значення є журналом 2 кількості зіставлених читань у
кожна позиція + ascii '0'.
Розширений вихід режим випускає a комплект of файли:
.stats : первинний вихід
.fastx : вихід, сумісний із набором інструментів fastx
.rcov : кількість і охоплення кожного посилання
.xdist : розподіл невідповідності
.ldist : розподіл довжини (якщо застосовно)
.mqdist
: картографування розподілу якості
Використовуйте sam-stats онлайн за допомогою сервісів onworks.net
