Це проста команда, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
простий - очевидний лічильник kmer на основі масиву
СИНТАКСИС
простий [-f|-r|-C] [-c стиснення] [-m mersize] -i вхід -o вихід
ОПИС
простий це дуже простий лічильник мер. Він виділяє гігантський 32-розрядний масив, заповнює файл
масив із mers, сортує та записує вихідні дані. Він виділить 4 байти на км. k=16
для роботи буде потрібно 16 ГБ.
ВАРІАНТИ
-i вхід
-o вихід
-m mersize
розмір мер. За замовчуванням 22
-f вперед kmer (це за замовчуванням)
-r зворотний кмер
-C канонічний кмер (лексикографічно менший із прямого та зворотного кмера у кожному
Розташування)
-c # mer компресія
Використовуйте прості онлайн-сервіси onworks.net
