Це команда TransDecoder.Predict, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
Трансдекодер – передбачення транскриптомного білка
ВИКОРИСТАННЯ
Вимагається:
-т стенограми.fasta
Поширені варіанти:
--retain_long_orfs зберігають усі знайдені ORF, які рівні або довші за ці багато нуклеотидів, навіть якщо немає інших доказів
позначає його як кодування (за замовчуванням: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm для пошуку
за допомогою hmmscan (до якого має бути доступ через налаштування PATH)
--retain_blastp_hits
Додаткові параметри
--поїзд Файл FASTA з ORF для навчання Markov Mod для ідентифікації білка; інакше
найдовші використані ненадлишкові ORF
-Т Якщо немає --train, найдовший ORF для навчання моделі Маркова (статистика гексамера) (за замовчуванням: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1)
Використовуйте TransDecoder.Predict онлайн за допомогою служб onworks.net
