xcrysden - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

xcrysden - візуалізатор кристалічної та молекулярної структури

СИНТАКСИС

xcrysden [спеціальні варіанти]
xcrysden [спеціальні варіанти] параметри формату файл|каталог

ОПИС

XCrySDen це програма візуалізації кристалічної та молекулярної структури, метою якої є
відображення ізоповерхень і контурів, які можна накладати на кристалічні структури
і інтерактивно обертаються та маніпулюються.

СПЕЦІАЛЬНІ ВАРІАНТИ

-h
--допомога
Відобразити довідкове повідомлення.

-v
-- версія
Відобразити інформацію про версію програми.

-u id
--використання id
Завантажте XCrySDen, вбудований у вікно контейнера з window-ID=id.

-r Нд
--reducedim Нд
Зменшити періодичний розмір файлу XSF до Нд. Необхідно вказати раніше --xsf варіант
наприклад, xcrysden -r 2 --xsf файл.

-c файл
-- звичай файл
Завантажте користувацькі визначення із зазначеного файлу (синтаксис такий
~/.xcrysden/спеціальні визначення).

-a файл
-- атрибути файл
Завантажити атрибути з файлу. Формат файлу атрибутів такий:

ELEMENTCOLOR
атомний номер 1 red1 blue1 green1
атомний номер 2 red2 blue2 green2
...
ЕЛЕМЕНТРАДІЙ
атомний номер 1 радіус1
атомний номер 2 радіус2
...

-l файл
--вогні файл
Завантажте параметри освітлення з відформатованого файлу XCrySDen.

ФОРМАТ ВАРІАНТИ

--xsf файл
Завантажте структуру з файлу, відформатованого XCrySDen-Structure-File (XSF).

--animxsf файл
--axsf файл
Завантажте структури з файлу, відформатованого Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf файл
Завантажте смуги з файлу BXSF (Band-XSF) і візуалізуйте поверхню Фермі.

--xmol файл
--xyz файл
Завантажити структуру з файлу у форматі XYZ.

--pdb файл
Завантажити структуру з файлу, відформатованого PDB.

--gzmat файл
Завантажте структуру з гаусової Z-матриці (потрібна програма Open-Babel).

--gaussian_out файл
--gxx_out файл
--g98_out файл
Завантажити структуру з вихідного файлу Гаусса. Лише одиночний розрахунок і
Поки що підтримується запуск оптимізації. Для запуску оптимізації можна
візуалізувати всі конструкції, які були виготовлені під час виконання.

--куб файл
--gXX_куб файл
--g98_cube файл
Завантажити структуру з файлу куба Гаусса. Файл куба має бути створений разом із файлом
Cube=Варіант карт. Підтримуються лише файли скалярного куба, тобто Cube=(Картки,Щільність)
або Куб=(Картки,Орбіталі) або Куб=(Картки,Потенціал). Зверніться до посібника GAUSSIAN
значення цих ключових слів.

--crystal_inp файл
Структура навантаження від CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) вхідний файл.

--crystal_f9 файл
Структура навантаження від CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) блок фортрану 9.

--wien_struct заголовок файлу|файл|каталог
Структура навантаження від WIEN2k (http://www.wien2k.at/) структурний файл, де:

заголовок файлу = назва файлу структури без .struct розширення,
файл = ім'я файлу,
каталог = назва каталогу справ.

--wien_kpath каталог|структурний файл
Читати структура файл і візуалізація першої зони Бріллюена за допомогою спеціальних k-точок. K-шлях може бути
вибирається інтерактивно, клацнувши мишею спеціальні k-точки. Користувач повинен вказати ЕМІН
та EMAX енергії та загальної кількості k-точок уздовж шляху. Це число лише
оцінка загальної кількості k-точок, оскільки XCrySDen намагається отримати дуже рівномірний
вибірка k-точок уздовж шляху (не вказуйте WIEN2k максимально допустиму кількість k-
очок, оскільки XCrySDen може принести кілька балів більше).

--wien_renderdensity каталог
Читати структура, вихід та ро файлів і візуалізації кристалічної структури та попередньо обчислених
щільність заряду.

--wien_density каталог
2D або 3D область для розрахунку щільності заряду інтерактивно вибирається
клацання мишкою. XCrySDen генерує in5 файл(и), обчислює та відображає щільність заряду
або у вигляді ізоліній/кольорових площин (2D) або ізоповерхні (3D).

--wien_fermissurface каталог
Спливаюче вікно завдання для створення поверхні Фермі. Після кількох кроків Фермі
Поверхня (сподіваюся) намальована як тривимірна ізоповерхня.

--fhi_inpini файл
Структура навантаження від FHI98MD inp.ini відформатований файл.

--fhi_coord файл
Структура навантаження від FHI98MD координувати відформатований файл.

--pwi
--pw_inp файл
Конструкцію навантаження від pw.x вхід файлу. pw.x є псевдопотенціальною плоскохвильовою програмою
розподіл Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out файл
Конструкцію навантаження від pw.x вихід файлу. pw.x є псевдопотенціальною плоскохвильовою програмою
розподіл Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s сценарій
-- сценарій сценарій
Завантажити скрипт із файлу, що містить скрипт Tcl.

Використовуйте xcrysden онлайн за допомогою служб onworks.net