Це команда xplor2gmx, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
xplor2gmx - Перетворіть обмеження відстані XPLOR у формат Gromacs
СИНТАКСИС
xplor2gmx (залишок зміщення) input.pdb
ОПИС
xplor2gmx зчитує вхідний файл XPLOR з даними про обмеження відстані, як іноді зустрічається в
база даних pdb (http://www.pdb.org). З цього вхідного файлу повинні бути двогранні обмеження
видалено, так що залишилися лише обмеження відстані. Сценарій може обробляти неоднозначне
обмеження. Він перетворює обмеження відстані у формат GROMACS.
На STDIN слід надати файл обмежень (.dat), а відповідний вихідний файл (.itp)
надіслано до STDOUT.
ПРИКЛАДИ
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
ВАРІАНТИ
xplor2gmx вимагає двох параметрів командного рядка: по-перше, зміщення залишку (ціле число); по-друге,
ім'я файлу .pdb. Файл pdb повинен мати правильні номери атомів.
Використовуйте xplor2gmx онлайн за допомогою служб onworks.net