Це програма для Linux під назвою BamBam, останню версію якої можна завантажити як bambam-1.4.tgz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою BamBam з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
BamBam
Ad
ОПИС
BamBam включає численні інструменти для аналізу даних секвенування ДНК нового покоління. Надаються інструменти для виклику SNP та indels, виявлення великомасштабних делецій, зведення в таблицю кількості зіставлених читань, аналізу метилювання тощо.
Залежить від SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) і BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Також використовує BioPerl, який входить до tar-архів для завантаження.
риси
- виклик SNPs та indels
- приписані генотипи
- створювати консенсусні послідовності
- табличне підрахунок картованих зчитування (RNA-seq)
- зробити висновок про фазування гаплотипу з кластеризацією K-середніх
- аналізувати метилювання ДНК (бісульфіт-секвенування)
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Perl, C++
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/bambam/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
