Це програма для Linux під назвою BLAST Ring Image Generator, останню версію якої можна завантажити як BRIG-0.95-dist.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою BLAST Ring Image Generator з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
Генератор зображень BLAST Ring
ОПИС
BRIG — це кросплатформна програма (Windows/Mac/Unix), яка може відображати кругові порівняння між великою кількістю геномів, зосереджена на обробці даних складання геному.Будь ласка, процитуйте документ BRIG, якщо BRIG використовується для створення цифр для публікацій: Н. Ф. Аліхан, Н. К. Петті, Н. Л. Бен Закур, С. А. Бітсон (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): прості порівняння генома прокаріотів, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Функції
- Зображення показують подібність між центральною еталонною послідовністю та іншими послідовностями у вигляді концентричних кілець.
- BRIG буде виконувати всі порівняння BLAST і аналіз файлів автоматично за допомогою простого графічного інтерфейсу.
- Межі контигів і покриття зчитування можуть бути відображені для чернових геномів; можуть відображатися налаштовані графіки та анотації.
- Використовуючи визначений користувачем набір генів як вхідні дані, BRIG може відображати наявність, відсутність, усічення або зміну послідовності генів у наборі повних геномів, чернетках геномів або навіть необроблених даних про послідовність.
- BRIG також приймає файли зі зчитуванням у форматі SAM, що дозволяє одночасно порівнювати геномні області, присутні в незібраних даних послідовності з кількох зразків.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Java
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/brig/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
