Це програма для Linux під назвою ChIP-RNA-seqPRO для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як cloudclientID.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою ChIP-RNA-seqPRO, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
ChIP-RNA-seqPRO для роботи в Linux онлайн
ОПИС
ChIP-RNA-seqPRO: стратегія визначення областей епігенетичної дерегуляції, пов'язаної з аберантним сплайсингом транскрипту та сайтами редагування РНК. Скрипти Python, які можна виконувати, укомплектовані разом із налаштованими бібліотеками анотацій, введенням демонстраційних даних і посібником README.9/26: версія 1.1 Оновлено MAIN_IV, щоб помилка налагодження викликана пандами Python, які більше не підтримують "підмножина".
Цей код більше не буде активно підтримуватися/оновлюватися тут. Тепер доступний хмарний ресурс для порівняльного аналізу епігенетичних наборів даних, варіацій послідовності та експресії. Будь ласка, відвідайте Cloudomics, проект для хмарних ресурсів: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Функції
- Інструмент для порівняльного аналізу широкого спектру епігеномних (ChIPseq, MBDseq тощо) та на основі секвенування на основі РНК наборів парних зразків
- Якщо ви використовуєте цей інструмент або будь-яку з бібліотек анотацій, будь ласка, додайте такі посилання: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila Дж., Мур Р., Найр А., О'Браєн Д., Чжу Ю., Кортум К., Ордог Т., Чжан З., Джозеф Р., Кочер Дж., Йонаш Е., Робертсон К., Тайбес Р. і Х. Хо Т. (2015). Стратегії біоінформатики для визначення регіонів епігенетичної дерегуляції, пов’язаної з аберантним сплайсингом транскрипту та редагуванням РНК. In Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, pages 163-170. DOI: 10.5220/0005248001630170
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Оболонка Unix, Python
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
