Це програма для Linux під назвою codonPhyML, останню версію якої можна завантажити як codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою codonPhyML з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
кодонPhyML
ОПИС
codonPhyML використовує марковські кодонні моделі еволюції в реконструкції філогенезу. Враховуючи набір видів, які характеризуються їх послідовностями ДНК як вхідними, codonPhyML поверне філогенетичне дерево, яке найкраще описує їх еволюційні відносини. Наша стаття з описом codonPhyML була опублікована в журналі «Молекулярна біологія та еволюція» (MBE). Щоб дізнатися більше, перейдіть за посиланням: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML знаходиться на обкладинці MBE! Перегляньте це (серпень 2013 року): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Для мультимодельної версії CodonPhyML, будь ласка, використовуйте tar-архів «codonphyml_multi.tgz».
риси
- Марковські кодонні моделі еволюції: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Евристика пошуку в топології дерева NNI та SPR
- параметри швидкості заміщення, оцінені за максимальною ймовірністю
- багатоядерна підтримка через OpenMP
- ймовірність порівняння для різних моделей (наприклад, AA, NT і CODON)
Аудиторія
Наука/Дослідження, Освіта
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал, командний рядок
Мова програмування
C
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
