Це програма Linux під назвою EigenMS для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як EigenMS.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою EigenMS для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
EigenMS для роботи в Linux онлайн
Ad
ОПИС
EigenMS — це метод нормалізації, реалізований в R (і старішій версії в Matlab), доступний у вигляді набору з двох функцій, які слід використовувати в послідовності.Будь ласка, завантажте файл EigenMS.zip (останню версію).
Остання версія, завантажена в жовтні 2017 року, містить виправлення для нормалізації однієї групи лікування.
З 2015 року змінення масштабу було виключено.
EigenMS використовує SVD для виявлення тенденцій зміщення в даних і усуває їх. EigenMS усуває вплив відомих і невідомих факторів і може бути використаний для будь-якої платформи -omic.
Ми показали його корисність у РХ-МС/МС та метаболоміці в наступних двох статтях:
1) PMID: 19602524. «Нормалізація пікових інтенсивностей у протеоміці на основі MS знизу вгору за допомогою розкладання сингулярних значень».
Карпієвич Ю.В., Тавернер Т., Адкінс Дж.Н., Каллістер С.Д., Андерсон Г.А., Сміт Р.Д., Дабні А.Р.
Біоінформатика 2009
2) «Нормалізація даних метаболомії за допомогою EigenMS»
Карпієвич Ю.В., Ніколіч С.Б., Вілсон Р., Шарман Є.Є., Едвардс Л.М.
PLoS One 2014
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
MATLAB, S/R
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
