Це програма Linux під назвою GenSeed-HMM для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як tutorial_files.tgz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою GenSeed-HMM для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
GenSeed-HMM для роботи в Linux онлайн
ОПИС
GenSeed-HMM — це програма для прогресивного складання ДНК за допомогою насіння. Він відрізняється від раніше опублікованого GenSeed багатьма аспектами, але більш помітно тим, що може використовувати профіль HMM як початковий.Загалом, GenSeed-HMM виконує три операції неодноразово:
- рекрут читає, зіставляючи їх із насінням
- зібрати набрані читання (включаючи попередньо зібрані контиги)
- генерувати нові зерна (для наступного раунду прогресивної збірки) з кінців усіх згенерованих контигів
Перше зерно надається користувачем і може бути фрагментом ДНК або білкової послідовності, або профілем HMM для підвищення чутливості.
Ця програма залежить від BLAST+ або hmmsearch і ряду сторонніх інструментів підтримки (transeq і splitter EMBOSS, bowtie, sfffile і sffinfo 454). Які інструменти будуть обов’язковими, залежить від типу насіннєвого матеріалу та використовуваного монтажника.
Наразі підтримуються асемблери CAP3, Newbler, SOAPdenovo, Velvet і Abyss.
риси
- прогресивна збірка
- насіннєвий агрегат
- великий вибір монтажників
- насіння можуть бути профільними HMM, ДНК або білком
Аудиторія
Наука/дослідження, досвідчені кінцеві користувачі, кінцеві користувачі/комп’ютер
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Perl
Це додаток, який також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/genseedhmm/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.