Це програма для Linux під назвою iMSAT для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як SSRs.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму iMSAT для безкоштовного запуску в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
iMSAT для роботи в Linux онлайн
ОПИС
iMSAT являє собою повне оновлення програми vcf2MSAT. Ця програма на python командного рядка дозволяє користувачеві використовувати дані поліморфізму, згенеровані за допомогою інструментів SAM і BAM, а також файл вирівнювання .fasta для пошуку поліморфних мікросупутникових маркерів (MSAT або STR). Виявляючи поліморфних виробників, а не прості повторювані регіони, як це робили попередні програми, iMSAT значно збільшує швидкість, з якою можна ідентифікувати поліморфні MSAT, заощаджуючи дорогоцінний час і гроші дослідників. Відвідати http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract для статті у форматі pdf, що описує корисність iMSAT, і якщо ви використовуєте програму, будь ласка, процитуйте цю статтю як: Andersen and Mills: iMSAT: новий підхід до розробки мікросателітних локусів з використанням бібліотек Illumina зі штрих-кодом. BMC Genomics 2014 15:858.риси
- Ідентифікація поліморфних мікросателітів
- Секвенування Illumina
- Геномний аналіз
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Python
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/imsat/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
