Це програма для Linux під назвою KMC-KaiC, останню версію якої можна завантажити як KMC_KaiC_Original.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою KMC-KaiC з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
KMC-KaiC
ОПИС
Цей код являє собою спеціальний кінетичний алгоритм Монте-Карло (KMC), який моделює модель посттрансляційного циркадного годинника Кая.
Код дозволяє моделювати систему Kai на рівні окремих гексамерів і мономерів KaiC і чітко відстежує оборот кожного нуклеотиду АТФ. Крім гідролізу АТФ, всі реакції підкоряються детальному балансу.
Застосування коду описано в нашій статті під назвою «Термодинамічно узгоджена модель посттрансляційного циркадного годинника Кая», яка є у вільному доступі у журналі з відкритим доступом PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*ОНОВЛЕННЯ* Ми створили повністю оборотну версію нашої моделі, включаючи зворотні реакції для гідролізу АТФ. Це дає можливість запускати модель у термодинамічній рівновазі. Цю версію моделі можна завантажити за адресою KMC_KaiC_Rev.zip.
Якщо ви хочете використовувати нашу модель для власних досліджень, будь ласка, процитуйте нашу статтю з обчислювальної біології PLoS.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
C + +
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
