Це програма для Linux під назвою MCPerm: Monte Carlo SNP permutation, останню версію якої можна завантажити як MCPerm_1.1.2.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою MCPerm: Monte Carlo SNP permutation з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
MCPerm: перестановка Монте-Карло SNP
Ad
ОПИС
MCPerm: метод перестановки Монте-Карло для множинної кореляції тестів у дослідженні асоціації випадок-контроль
Тест традиційної перестановки (TradPerm) є важливим непараметричним методом аналізу, який можна розглядати як золотий стандарт для множинних корекцій тестування в дослідженні асоціації випадок-контроль. Однак він покладається на вихідні дані генотипів і фенотипів однонуклеотидного поліморфізму (SNP) для виконання великої кількості випадкових перемішень, і, таким чином, є інтенсивним обчисленням, особливо для дослідження загальногеномних асоціацій (GWAS). Щоб покращити швидкість обчислення без зміни розміру p-значення TradPerm, ми розробили метод перестановки Монте-Карло (MCPerm) як ефективну альтернативу TradPerm.
Методи: MCPerm не потрібно перемішувати вихідні дані про генотипи та фенотипи. Він використовує метод Монте-Карло, використовує двоетапний гіпергеометричний розподіл для генерування випадкової кількості генотипів (AA, Aa і aa) у випадках і контролях.
Мова програмування
С/Р
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
