Це програма для Linux під назвою misc genomics tools, останню версію якої можна завантажити як misc_genomics_tools_v0.2.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою misc genomics tools з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
різні інструменти геномики
ОПИС
Це набір різноманітних програм, розроблених в ході проекту з геноміки, за участю штаму Pseudomonas NCIMB10586.
До них відносяться
* виявлення та виправлення помилок у (наприклад) послідовності геному pacbio за допомогою зчитування illumina
* анотація послідовності/геному прокаріотів
* Аналіз RNAseq - нормалізація та зіставлення кількох зразків як групи
* Візуалізація RNAseq
Усі сценарії надаються за принципом «найкращих зусиль», однак через різні системні зміни я не гарантую, що всі файли є версією, використаною в аналізі.
Також майте на увазі, що вони були дуже розроблені з урахуванням доцільності - тобто очікувалося, що процес буде виконано в остаточному вигляді один раз; мало уваги приділялося оптимізації часу виконання або об’єднанню сценаріїв разом, і іноді зовнішні ресурси доступні вручну.
Функції
- Виправлення помилок послідовності геному
- Анотація прокаріотичної послідовності
- Нормалізація RNAseq кількох зразків як групи
- Серія зразків RNAseq/візуалізація в часі
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Perl
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
