Це програма для Linux під назвою SplitMEM, останню версію якої можна завантажити як splitmem.1.0.tgz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою SplitMEM з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
SplitMEM
Ad
ОПИС
З появою вдосконалених технологій секвенування геноміка розширюється від єдиної довідкової парадигми на вид до більш комплексного пангеномного підходу з кількома особами, представленими та проаналізованими разом. Тут ми представляємо новий алгоритм часу та простору O(n log n), який називається splitMEM, який безпосередньо створює стиснутий граф де Брюйна для пан-генома загальної довжини n. Щоб досягти такої тимчасової складності, ми доповнюємо дерево суфіксів пропусками суфіксів — новою конструкцією, яка дозволяє нам проходити кілька суфіксальних посилань за постійний час і використовувати їх для ефективного розкладання максимальних точних збігів (MEM) під час обходу дерева суфіксів.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
C + +
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/splitmem/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
