Це програма для Linux під назвою VarScan, останню версію якої можна завантажити як VarScan.v2.3.9.jar. Його можна запустити в режимі онлайн у постачальника безкоштовного хостингу OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою VarScan з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
VarScan
ОПИС
Виявлення варіантів у масивному паралельному секвенуванні. Для одного зразка виклики SNP, indels та консенсусні генотипи. Для пар з нормою пухлини кожен варіант додатково класифікує як зародковий, соматичний або LOH, а також виявляє зміни кількості соматичних копій. ОСНОВНІША ВЕРСІЯ ДОСТУПНА НА GITHUB
риси
- Викликає SNP та Indels із файлів накопичення SAMtools
- Фільтрує варіанти за охопленням, глибиною зчитування, частотою варіантів і базовою якістю
- Визначає соматичний статус (Соматична, Зародкова лінія, LOH) для пар «Пухлина-Нормальний»
- Порівнює, об’єднує та перетинає два списки варіантів
- Обмежує виклики варіантів набір цільових позицій або цільових регіонів
- Безкоштовно для некомерційного використання.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/varscan/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.