Name: ViralFusionSeq [VFS] для запуску в Linux завантажити онлайн для Linux
Brand: OnWorks
SKU: 0063b0b3d050587340a07b3c09108d8c
Availability: OnlineOnly
Rating: 4.84 (1544 reviews)

Це програма для Linux під назвою ViralFusionSeq [VFS] для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.

Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою ViralFusionSeq [VFS], щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.

Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:

- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.

- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.

- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.

- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.

- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.

- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.

Завантажити додаток Запустити в Ubuntu Запустіть у Fedora Запустити в Windows Sim Запустіть в MACOS Sim

ЕКРАНИ

Завантажте веб-інструмент або веб-програму ViralFusionSeq [VFS] для роботи в Linux онлайн

ViralFusionSeq [VFS] для запуску в Linux онлайн

ОПИС

VFS було повністю протестовано в системі Ubuntu/Debian.

** Оголошення 1**: VFS краще за Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download

Станом на 2016 рік, VFS є єдиним інструментом інтеграції вірусів, доступним у системі NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/

ViralFusionSeq (VFS) — це універсальний інструмент високопродуктивного секвенування (HTS) для виявлення подій вірусної інтеграції та реконструкції злиття транскриптів з однобазною роздільною здатністю.

VFS поєднує в собі інформацію м’якого відсікання, аналіз пар читання та цільову збірку de novo, щоб виявляти й анотувати події злиття вірусу та людини.

Для оцінки якості контрольних точок злиття використовується проста, але ефективна емпірична статистична модель.

Необхідні мінімальні параметри, визначені користувачем.

Вихідний код з посібником користувача та інструкцією з встановлення VFS доступний у розділі Sourceforge «Файли».

Зразок цитирования: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

риси

Застосовується та повністю перевірено з використанням даних RNA-Seq та DNA-Seq
Використовуйте інформацію як обрізаної послідовності (CS), так і інформації про парний кінець (RP), щоб виявити вірусну інтеграцію
Повторна конструкція послідовності транскрипту злиття з використанням інформації CS та RP

Аудиторія

Наука/Дослідження

Мова програмування

Perl

Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.