Це програма для Windows під назвою BBMap, останню версію якої можна завантажити як BBMap_39.03.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою BBMap з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть будь-який онлайн емулятор ОС OnWorks з цього веб-сайту, але кращий онлайн-емулятор Windows.
- 5. З ОС OnWorks Windows, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму та встановіть її.
- 7. Завантажте Wine зі сховищ програмного забезпечення дистрибутивів Linux. Після встановлення ви можете двічі клацнути програму, щоб запустити їх за допомогою Wine. Ви також можете спробувати PlayOnLinux, модний інтерфейс замість Wine, який допоможе вам встановити популярні програми та ігри Windows.
Wine — це спосіб запуску програмного забезпечення Windows на Linux, але без використання Windows. Wine — це рівень сумісності Windows з відкритим вихідним кодом, який може запускати програми Windows безпосередньо на будь-якому робочому столі Linux. По суті, Wine намагається повторно реалізувати достатньо Windows з нуля, щоб він міг запускати всі ці програми Windows, насправді не потребуючи Windows.
ЕКРАНИ
Ad
BBMap
ОПИС
Цей пакет включає в себе BBMap, короткий вирівнювач для читання, а також різні інші біоінформаційні інструменти. Він написаний на чистій Java, може працювати на будь-якій платформі і не має жодних залежностей, крім встановленої Java (зібраної для Java 6 і вище). Усі інструменти ефективні та багатопотокові.
BBMap: короткий вирівнювач для читання даних ДНК і РНК. Здатний обробляти як завгодно великі геноми з мільйонами каркасів. Обробляє Illumina, PacBio, 454 та інші зчитування; дуже висока чутливість і терпимість до помилок і численних великих індель. Дуже швидко.
BBNorm: інструмент для виправлення помилок та нормалізації на основі Kmer.
Dedupe: спрощує збірки, видаляючи повторювані або містяться підпослідовності, які мають спільну цільову відсоткову ідентичність.
Переформатування: переформатування зчитує між fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, чергуванням/парним, і ASCII-33/64 зі швидкістю понад 500 МБ/с.
BBDuk: фільтрує, обрізає або маскує зчитування за допомогою kmer збігів у файл артефакту/забруднення.
...і більше!
риси
- Чиста Java, працює на будь-якій платформі; вже зібрано, просто розпакуйте і запустіть.
- Швидкий, ефективний і багатопотоковий.
- Інформація про використання відображається під час запуску shellscript без параметрів.
- Найвища чутливість будь-якого елайнера для короткого зчитування.
- Легко встановити - просто розпакуйте/розпакуйте.
- Простий у використанні. Приклад: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Обробляє всі поширені формати: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Використовується Об’єднаним інститутом геному.
- BB означає Bestus Bioinformaticus.
- Тут є зручні поширені запитання: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Мова програмування
Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.