alimask - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

alimask - Thêm dòng mặt nạ để căn chỉnh nhiều trình tự

SYNOPSIS

bí danh [tùy chọn]

MÔ TẢ

bí danh được sử dụng để áp dụng một dòng mặt nạ cho nhiều trình tự căn chỉnh, dựa trên
căn chỉnh hoặc tọa độ mô hình. Khi nào hmmm xây dựng nhận được một căn chỉnh có mặt nạ làm đầu vào, nó
tạo ra một mô hình hồ sơ trong đó xác suất phát xạ tại các vị trí bị che
để phù hợp với tần số nền, thay vì được đặt dựa trên các tần số quan sát được trong
sự liên kết. Tỷ lệ chèn và xóa theo vị trí cụ thể không bị thay đổi, ngay cả trong
vùng mặt nạ. bí danh tự động phát hiện định dạng đầu vào và tạo ra các căn chỉnh có mặt nạ trong
Định dạng Stockholm. có thể chỉ chứa một liên kết trình tự.

Một động lực chung để che một khu vực trong một sự liên kết là khu vực đó chứa
sự lặp lại song song đơn giản được quan sát để gây ra tỷ lệ dương tính giả cao không thể chấp nhận được
lượt truy cập.

Trong trường hợp đơn giản nhất, phạm vi mặt nạ được cung cấp theo tọa độ liên quan đến đầu vào
căn chỉnh, sử dụng --alirange . Tuy nhiên, nó thường là trường hợp khu vực được
mặt nạ đã được xác định trong các tọa độ liên quan đến mô hình hồ sơ (ví dụ: dựa trên
nhận dạng một mẫu lặp lại đơn giản trong căn chỉnh lần truy cập sai hoặc trong biểu trưng HMM). Không phải tất cả
các cột căn chỉnh được chuyển đổi để phù hợp với các vị trí trạng thái trong cấu hình (xem --symfrac
cờ cho hmmm xây dựng để thảo luận), do đó, các vị trí mô hình không nhất thiết phải khớp với
các vị trí cột căn chỉnh. Để loại bỏ gánh nặng của việc chuyển đổi các vị trí mô hình thành
vị trí căn chỉnh, bí danh cũng chấp nhận đầu vào phạm vi mặt nạ trong tọa độ mô hình,
sử dụng - modelrange . Khi sử dụng cờ này, bí danh xác định căn chỉnh nào
các vị trí sẽ được xác định bởi hmmm xây dựng như các trạng thái khớp, một quy trình yêu cầu
tất cả các hmmm xây dựng cờ ảnh hưởng đến quyết định đó được cung cấp cho bí danh. Đó là vì lý do này
rằng nhiều người trong số hmmm xây dựng cờ cũng được sử dụng bởi bí danh.

LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

-o Hướng kết quả tóm tắt vào tệp , thay vì tiêu chuẩn.

LỰA CHỌN CHO ĐẶC ĐIỂM KỸ THUẬT MẶT NẠ Range

Một dải mặt nạ duy nhất được cung cấp dưới dạng một cặp được phân tách bằng dấu gạch ngang, như - modelrange 10-20 và
nhiều phạm vi có thể được gửi dưới dạng danh sách được phân tách bằng dấu phẩy, - modelrange 10-20,30-42.

- modelrange
Cung cấp (các) phạm vi đã cho trong tọa độ mô hình.

--alirange
Cung cấp (các) dải ô đã cho theo tọa độ căn chỉnh.

--apendmask
Thêm vào mặt nạ hiện có được tìm thấy với sự liên kết. Mặc định là ghi đè lên bất kỳ
mặt nạ hiện có.

--model2ali
Thay vì thực sự tạo ra sự căn chỉnh có mặt nạ, chỉ cần in (các) phạm vi mô hình
tương ứng với (các) phạm vi căn chỉnh đầu vào.

--ali2model
Thay vì thực sự tạo ra căn chỉnh có mặt nạ, chỉ cần in (các) dải căn chỉnh
tương ứng với (các) phạm vi mô hình đầu vào.

LỰA CHỌN CHO ĐẶC ĐIỂM KỸ THUẬT CÁC ALPHABET

Loại bảng chữ cái (amino, DNA hoặc RNA) được tự động phát hiện theo mặc định, bằng cách xem
thành phần của tập tin msa. Tự động phát hiện thường khá đáng tin cậy, nhưng đôi khi
loại bảng chữ cái có thể không rõ ràng và tính năng tự động phát hiện có thể không thành công (ví dụ: trên đồ chơi nhỏ
sự liên kết của chỉ một vài dư lượng). Để tránh điều này hoặc để tăng cường tính năng tự động hóa
đường ống phân tích, bạn có thể chỉ định loại bảng chữ cái của tập tin msa với các tùy chọn này.

--amino
Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong tập tin msa là các protein.

--dna Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong tập tin msa là các DNA.

--rna Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong tập tin msa là các RNA.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT HỒ SƠ XÂY DỰNG

Các tùy chọn này kiểm soát cách các cột đồng thuận được xác định trong một sự liên kết.

--Nhanh Xác định các cột đồng thuận là những cột có một phần nhỏ> = tượng trưng dư lượng như
đối lập với những khoảng trống. (Xem bên dưới để biết --symfrac tùy chọn.) Đây là mặc định.

--tay Xác định các cột đồng thuận trong hồ sơ tiếp theo bằng cách sử dụng chú thích tham chiếu cho nhiều
sự liên kết. Điều này cho phép bạn xác định bất kỳ cột đồng thuận nào mà bạn thích.

--symfrac
Xác định ngưỡng phân đoạn cặn cần thiết để xác định cột đồng thuận khi
bằng cách sử dụng --Nhanh Lựa chọn. Giá trị mặc định là 0.5. Phần ký hiệu trong mỗi cột là
được tính toán sau khi tính đến trọng số trình tự tương đối và bỏ qua khoảng cách
các ký tự tương ứng với phần cuối của các đoạn trình tự (trái ngược với nội
chèn / xóa). Đặt giá trị này thành 0.0 có nghĩa là mọi cột căn chỉnh sẽ
được chỉ định là sự đồng thuận, có thể hữu ích trong một số trường hợp. Đặt nó thành 1.0
có nghĩa là chỉ các cột bao gồm 0 khoảng trống (chèn / xóa bên trong) sẽ
được giao như sự đồng thuận.

--fragthresh
Chúng tôi chỉ muốn đếm khoảng trống đầu cuối là lần xóa nếu trình tự được căn chỉnh được biết
có độ dài đầy đủ, không phải nếu nó là một đoạn (ví dụ: vì chỉ một phần của nó
đã được giải trình tự). HMMER sử dụng một quy tắc đơn giản để suy ra các đoạn: nếu độ dài chuỗi
L nhỏ hơn hoặc bằng một phân số nhân với độ dài căn chỉnh trong các cột,
thì trình tự được xử lý dưới dạng một đoạn. Giá trị mặc định là 0.5. Thiết lập
--fragthresh0 sẽ xác định trình tự không (nompty) là một phân đoạn; bạn có thể muốn
làm điều này nếu bạn biết bạn đã có một căn chỉnh toàn bộ chiều dài được sắp xếp cẩn thận
trình tự. Thiết lập --fragthresh1 sẽ xác định tất cả các chuỗi dưới dạng các đoạn; bạn có thể
muốn làm điều này nếu bạn biết căn chỉnh của mình hoàn toàn bao gồm các mảnh, chẳng hạn như
như các bài đọc ngắn đã dịch trong dữ liệu súng ngắn metagenomic.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT QUAN HỆ TRỌNG LƯỢNG

HMMER sử dụng thuật toán trọng số trình tự đặc biệt để giảm trọng số các trình tự có liên quan chặt chẽ
và tăng cân những cái có liên quan ở xa. Điều này có tác dụng làm cho các mô hình ít bị sai lệch hơn bởi
đại diện phát sinh loài không đồng đều. Ví dụ: hai chuỗi giống hệt nhau thường sẽ
mỗi người nhận được một nửa trọng lượng mà một chuỗi sẽ nhận được. Các tùy chọn này kiểm soát cái nào
thuật toán được sử dụng.

--wpb Sử dụng lược đồ trọng số trình tự dựa trên vị trí Henikoff [Henikoff và Henikoff,
J. Mol. Biol. 243: 574, năm 1994]. Đây là mặc định.

--wgsc Sử dụng thuật toán trọng số Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein và cộng sự, J. Mol.
Biol. 235: 1067, 1994].

--wblosum
Sử dụng cùng một lược đồ phân nhóm đã được sử dụng để cân dữ liệu trong tính toán BLOSUM
ma trận phụ [Henikoff và Henikoff, Proc. Natl. Acad. Khoa học 89: 10915, 1992].
Các chuỗi là liên kết đơn được nhóm lại ở một ngưỡng nhận dạng (mặc định là 0.62; xem
--rộng) và trong mỗi cụm trình tự c, mỗi chuỗi có trọng số tương đối
1 / c.

--wone
Không có trọng lượng tương đối. Tất cả các chuỗi được ấn định trọng lượng đồng nhất.

--rộng
Đặt ngưỡng nhận dạng được sử dụng bởi phân cụm liên kết đơn khi sử dụng --wblosum.
Không hợp lệ với bất kỳ kế hoạch trọng số nào khác. Mặc định là 0.62.

KHÁC LỰA CHỌN

--thông tin
Khai báo rằng đầu vào tập tin msa có định dạng . Hiện tại là bội số được chấp nhận
các định dạng tệp trình tự căn chỉnh bao gồm Stockholm, Aligned FASTA, Clustal, NCBI
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex và UCSC SAM A2M. Mặc định là tự động phát hiện định dạng của
tập tin.

--hạt giống
Giống như trình tạo số ngẫu nhiên với , một số nguyên> = 0. Nếu là nonzero, bất kỳ
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ có thể tái tạo được; cùng một lệnh sẽ cung cấp cùng một
kết quả. Nếu như là 0, trình tạo số ngẫu nhiên được đưa vào tùy ý, và
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ thay đổi tùy theo từng lần chạy của cùng một lệnh. Mặc định
hạt giống là 42.

Sử dụng alimask trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net