alistat - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

alistat - hiển thị số liệu thống kê cho một tệp nhiều căn chỉnh

SYNOPSIS

alistat [tùy chọn] tập tin căn chỉnh

MÔ TẢ

alistat đọc nhiều liên kết trình tự từ tệp tập tin căn chỉnh trong bất kỳ hỗ trợ nào
định dạng (bao gồm SELEX, GCG MSF và CLUSTAL) và hiển thị một số thống kê đơn giản
về nó. Các thống kê này bao gồm tên của định dạng, số lượng trình tự,
tổng số lượng dư, giá trị trung bình và phạm vi của độ dài trình tự, sự liên kết
độ dài (ví dụ bao gồm các ký tự khoảng trống).

Cũng được hiển thị là một số danh tính phần trăm. Nhận dạng căn chỉnh theo cặp phần trăm được xác định
as (nhận dạng / MIN (len1, len2)) Ở đâu người làm biếng là số lượng danh tính chính xác và len1,
len2 là độ dài không liên kết của hai chuỗi. "Nhận dạng phần trăm trung bình", "hầu hết
cặp liên quan "và" cặp không liên quan nhất "của căn chỉnh là giá trị trung bình, tối đa và
tối thiểu của tất cả (N) (N-1) / 2 cặp, tương ứng. "Seq xa nhất" được tính bằng
tìm danh tính theo cặp tối đa (tương đối tốt nhất) cho tất cả N chuỗi, sau đó tìm
số tối thiểu của N số này (do đó, là dãy xa nhất).

LỰA CHỌN

-a Hiển thị thông tin chi tiết bổ sung: một bảng có một dòng trên mỗi chuỗi hiển thị
tên, độ dài và danh tính theo cặp cao nhất và thấp nhất của nó. Những dòng này là
bắt đầu bằng ký tự * để kích hoạt dễ dàng grep 'nhập chúng ra và phân loại chúng.
Ví dụ, alistat -a foo.slx | grep * | loại -n +3 đưa ra một danh sách được xếp hạng của
trình tự xa nhất trong sự liên kết. Không tương thích với -f tùy chọn.

-f Nhanh; sử dụng phương pháp lấy mẫu để ước tính% id trung bình. Khi tùy chọn này là
đã chọn, alistat không hiển thị ba số nhận dạng theo cặp khác. Cái này
tùy chọn này hữu ích cho các căn chỉnh rất lớn, cho phép tính đầy đủ (N) (N-1)
của tất cả các cặp sẽ bị cấm (ví dụ: liên kết GP120 của Pfam, với hơn 10,000
trình tự). Không tương thích với -a tùy chọn.

-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.

-q im lặng - loại bỏ tiêu đề dài dòng (tên chương trình, số phát hành và ngày tháng,
tham số và các tùy chọn có hiệu lực).

-B (Béc-giê). Tự động phát hiện và đọc định dạng tệp trình tự khác với định dạng mặc định
(FASTA). Hầu hết mọi định dạng tệp trình tự chung đều được công nhận (bao gồm Ngân hàng gen,
Các định dạng trình tự không dấu EMBL, SWISS-PROT, PIR và GCG và Stockholm, GCG MSF,
và các định dạng căn chỉnh Clustal). Xem tài liệu in để có danh sách đầy đủ
định dạng được hỗ trợ.

EXPERT LỰA CHỌN

--thông tin
Chỉ định rằng tệp trình tự có định dạng , thay vì FASTA mặc định
định dạng. Các ví dụ phổ biến bao gồm Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
hoặc PHYLIP; xem tài liệu in để biết danh sách đầy đủ các định dạng được chấp nhận
những cái tên. Tùy chọn này ghi đè định dạng mặc định (FASTA) và -B cá bơn
tùy chọn phát hiện tự động.

Sử dụng alistat trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net